1、男子本身的內分泌功能低下，即體內某些相關激素的分泌不平衡，從而造成畸形率增高。而這些性激素的分泌功能，又受到體內“下丘腦--垂體--性腺軸”的控制，當男子內分泌功能紊亂時，即影響到“下丘腦--垂體--性腺軸”的功能的發揮，從而影響到精子的發育過程，導致精子的畸形。
2、男子泌尿與生殖系統的某些感染，也是造成畸形精子症的重要原因之一。有人在實驗室觀察到，有細菌感染的精液標本中，正常形態的精子百分比降低。也有人在光鏡及掃描電鏡觀察到，通常可導致尿道炎的支原體存在的情況下，正常形態的精子數減少，而畸形精子，如尖頭精子、卷尾精子或尾部帶絨毛狀的異常精子數明顯增多 。
3、較新的研究發現，吸菸者可使畸形精子發生率顯著增高。每日抽菸超過30支者，其畸形精子發生率更高;吸菸時間越長，畸形精子也越多。吸菸甚至可影響胎兒的產前死亡率和致畸率。
4、酗酒也是常見的造成精子畸形的原因之一。酗酒產生的酒精中毒可能損傷精子，造成精子畸形率增高，同時還可造成性慾冷漠、陽痿、早洩等性功能的異常。酗酒引還會影響胎兒在子宮內的發育，有時還會生出畸形怪胎或低能兒。
5、男性的生殖器官，如睪丸、附睪以及精囊腺如果受到了放射線的照射，也可能引起精子發生變異。精細胞的突變與照射強度和照射的時間都有關係。
