1、抗炎治療：這種治療方法主要是針對由生殖道感染引起的畸形精子症。
2、內分泌調理：由內分泌異常所致，可給予內分泌功能調整.
3、手術治療：對精索靜脈曲張者應考慮手術治療。
4、用藥治療：精液中有支原體時，精子活力降低，精子密度減少，畸形精子增多。用強力黴素，連服2周，可恢復生育。
5、夫妻間人工授精：用裴爾科密度梯度離心法，可分離出活動力Ⅲ、Ⅳ級，形態正常的精子達90%，後行人工授精。
6、高畸形精子症的治療：如果是高畸形率精子症應根據引起畸形精子的原因，消除不利因素(藥物、放射線、高溫、酒等)，針對病因進行治療。如果男性體內的畸形精子超過70%，應該到醫院進行染色體檢查，如果患者本身有染色體病，那麼會增加治療的難度。
7、飲食治療：多吃黑色素含量高的食物，比如黑豆、黑米、黑芝麻、核桃、黑木耳等。
