可能會出現陰道出血、羊水溢出或子宮持續性收縮,約佔2%的孕婦會發生。絨毛穿刺術後和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率的隨機對照研究,發現前者稍高,3%左右4。但是,有一個隨機對照實驗對經腹CVS術和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率比較後發現,兩者接近(6.3%與7%)絨毛取樣的危險損傷胎兒肢體的危險要高一些,並且可能會帶來較高几率的不確定的發育不良,現已確定的比如有先天性腎積水、先天性心臟病、腸道畸形等,若絨毛取樣的診斷不明確,有必要作羊膜囊穿刺確診。
曾生育過先天性缺陷兒尤其是生育過染色體異常患兒。夫婦一方是染色體異常者或平衡異位的攜帶者。性連鎖遺傳疾病攜帶者,於孕中期確定胎兒性別時。曾生育過神經管缺陷或此次孕期血清甲胎蛋白值明顯高於正常妊娠者。