絨毛穿刺可能會出現陰道出血、羊水溢出或子宮持續性收縮,約佔2%的孕婦會發生這種情況。另外,絨毛穿刺術後和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率的隨機對照研究,發現前者稍高,3%左右。但是,有一個隨機對照實驗對經腹CVS術和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率比較後發現,兩者接近(6.3%與7%)。
絨毛穿刺術會導致較高几率的畸胎的發生,現已確認的發育不良(即畸胎)主要有胎兒先天性腎積水、先天性心臟病、先天性腸道畸形。這些不良症狀往往於孕中期大排畸的時候才會被超聲發現,再加上絨毛手術醫院與常規產檢醫院往往不一致,因此很難跟蹤及理清責任。