檢測甲胎蛋白的方法有好幾種，放射免疫法測得的甲胎蛋白大於500微克/升、且持續4周者，或甲胎蛋白在200～500微克/升、持續8周者，在排除其它引起甲胎蛋白增高的因素如急、慢性肝炎、肝炎後肝硬化、胚胎瘤、消化道癌症後，需再結合定位檢查，如B超、CT、磁共振(MRI)和肝血管造影等即可作出診斷。不過，正常懷孕的婦女、少數肝炎和肝硬化、生殖腺惡性腫瘤等情況下甲胎蛋白也會升高，但升高的幅度不如肝癌那樣高。肝硬化病人血清甲胎蛋白濃度多在25～200微克/升之間，一般在2 個月內隨病情的好轉而下降，多數不會超過2個月;同時伴有轉氨酶升高，當轉氨酶下降後甲胎蛋白也隨之下降，血清甲胎蛋白濃度常與轉氨酶呈平行關係。如果甲胎蛋白濃度在 500 微克/升以上，雖有轉氨酶升高，但肝癌的可能性大，轉氨酶下降或穩定，而甲胎蛋白上升，也應高度懷疑肝癌。
甲胎蛋白在肝癌出現症狀之前的8個月就已經升高，此時大多數肝癌病人仍無明顯症狀，腫瘤也較小，這部分患者經過手術治療後，預後可得到明顯改善，故肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人應半年檢測一次。
過去一直認為是診斷原發性肝癌的特異性腫瘤標誌物，具有確立診斷、早期診斷、鑑別診斷的作用。近年大量的臨床卻發現，部分肝硬化病人會長期出現AFP達到上千，但多年都沒有肝癌的跡象;同時發現約20%的晚期肝癌病人，直至病故前，AFP仍不超過10。
如果要想確定是否患有肝癌，還必須配合做以下檢查：
1.肝功能檢查：肝癌患者應作肝功能檢查，多數正常，伴有肝硬化時可出現肝功能損傷，部份患者血清谷丙轉氨酶高，肝癌造成肝功能損害僅見於晚期病人。
2. 甲胎蛋白(AFP)：是診斷原發性肝癌的特異性腫瘤標誌物，具有確立診斷、早期診斷、鑑別診斷的作用。目前常用酶標法、酶標電泳法、放射免疫法檢測。一般認為：定性法陽性或定量>400毫微克/毫升、>200毫微克/毫升，持續8周，而谷丙轉氨酶(SGPT)正常，並排除妊娠和生殖腺胚胎瘤，原發性肝癌的診斷確立。特別應用在早期亞臨床肝癌的診斷並及時手術可大大提高患者的存活率。對肝癌手術、化療、中西醫結合治療、放療等療效及預後判斷、動態測定血清甲胎蛋白有其重要的臨床價值。
3.血清鐵蛋白(SF)：是原發性肝癌的第二血清學標誌物。
4：血清測定
(1)鹼性磷酸酶(AKP )(2)r一谷氨酰轉肽酶(r –GT)(3)同工酶
還有很多如：超聲波檢查、CT檢查、核磁共振
