臨床上可分為原發型與復發型兩型。初發單純皰疹潛伏期2～12天，平均6天，幾乎所有的內臟或黏膜表皮部位都可分離到HSV。初次感染(不論是HSV-Ⅰ或是HSV-Ⅱ)時宿主急性期血清中無HSV抗體，常伴有全身症狀，且往往比複發性皰疹明顯。原發型單純皰疹皮膚黏膜損害常需2～3周癒合，而復發型單純皰疹的皮損大多於1周內即可消失。
1.皮膚皰疹好發於皮膚黏膜交界處，以唇緣、口角、鼻孔周圍等處多見。初起局部皮膚髮癢、灼熱或刺痛，進而充血、紅暈，後出現針頭或米粒大小簇集水皰群，基底微紅，水皰彼此並不融合，但可同時出現多簇水皰群。水皰壁薄，皰液清亮，短期自行潰破、糜爛、滲液，2～10天后乾燥結痂，脫痂後不留瘢痕。
2.口腔皰疹皰疹和潰瘍出現在口腔黏膜、舌部、齒齦、咽部，可波及食管。患者局部疼痛、拒食、流涎。可伴發熱及頜下淋巴結和(或)頸淋巴結腫大。兒童與青年人多見。
3.生殖器皰疹主要為HSV-Ⅱ型感染所致。生殖器、會陰、外陰周圍、股部和臀部皮膚均可受累，出現皰疹、潰瘍及點片狀糜爛。男性多發生在龜頭、包皮、冠狀溝、陰莖，亦可累及陰囊;女性則多見於大小陰唇、陰蒂、陰道、宮頸，亦可累及尿道。有肛交史同性戀者可引發皰疹性直腸炎，繼而出現肛周和直腸化膿性感染或腹股溝淋巴結炎。
4.眼皰疹表現為單皰性角膜炎、結膜炎，大多為單側性，常伴患側眼瞼皰疹或水腫及耳前淋巴結腫大。反覆發作者可致角膜潰瘍、渾濁，甚至穿孔致盲。在新生兒和AIDS患者中，可發生脈絡膜視網膜炎。
5.皰疹性瘰疽手指的HSV是原發口或生殖器皰疹的一種併發症。病毒可經手指上皮破損處進入或由於職業及其他原因而直接進入手指表皮內，皰疹病變常發生於末端指節，深入至甲床形成蜂窩狀壞死;故局部疼痛劇烈，呈跳痛樣，常伴有發熱、肘窩和腋窩淋巴結炎。經常裸手接觸皰疹患者的牙醫和護士易有罹患本病的危險。
6.皰疹性溼疹系原由慢性溼疹、皮炎等病損的患者合併HSV感染所致，易誤診為原有溼疹的加重。在皮損區及其周圍皮膚突然發生病毒感染，或發生血行播散，累及其他重要臟器而致病情進一步惡化。
7.新生兒皰疹新生兒HSV感染中的70%由HSV-Ⅱ所致，皆因出生時接觸生殖道分泌物而被感染;先天性感染常是原發性HSV感染的母親在妊娠期導致胎兒宮內感染。宮內感染的胎兒可早產，或先天畸形，或智力發育障礙，即所謂“TQRCH”綜合徵。新生兒感染HSV後可呈現無症狀隱性感染，也可引起不同形式或不同程度的臨床表現。輕者僅為口腔、皮膚、眼部皰疹，重者則呈中樞神經系統感染甚至全身播散性感染。
8.播散性單純皰疹播散性HSV感染多發於6個月至3歲的兒童，亦可見於原發性或繼發性免疫功能低下(抑制)者。初起表現為重症皰疹性口齦炎、食管炎、或外陰陰道炎，高熱、甚至驚厥，繼而全身發生廣泛性水皰，皰頂臍凹，同時可發生病毒血症，引起皰疹性肝炎、腦炎、肺炎、胃腸炎以及腎上腺功能障礙等內臟損害。
