1、B超：對於卵巢囊腫的診斷，B超無疑是最簡便易行的診斷方法。首先B超檢查最好避開排卵期，前面我們提到大多數生理性囊腫和月經週期有關，所以在月經乾淨一週內檢查，可以更好地判斷是生理性囊腫還是病理性囊腫。其次，B超不但可以看到囊腫所在的位置、形態與大小，還能判斷囊腫內部的成分。一般囊腫內部是液體成分，如果出現實體成分或顯示血流豐富，就要懷疑是否為惡性囊腫，需要進一步確診。超聲檢查的準確率率可以達到90%，特別是對巧克力囊腫和卵巢畸胎瘤的診斷準確性更高，但直徑小於2釐米容易漏診。
2、CT、核磁：相比B超，CT與核磁能更為清晰地觀察囊腫的形態，和是否有淋巴結轉移。良性的囊腫，多數邊界清晰、光滑，一般沒有淋巴結轉移;而惡性腫瘤多數輪廓不規則，和周圍組織糾纏不清，或伴有腹水，還可能有淋巴結轉移。
3、腫瘤標誌物：雖然目前還沒有一種卵巢惡性囊腫專有的標誌物，但如CA125、AFP199以及甲肽蛋白AFP等，對判斷囊腫的良惡性還是有一定指導作用的——如果是惡性囊腫，這些指標值會顯著升高。
4、腹腔鏡：可對囊腫的形態結構、囊腫與周圍臟器的關係有一個直觀的判斷。並在可疑部位進行多點活檢，抽吸腹腔液進行細胞學檢查(在腹腔液中檢查是否有脫落的癌細胞)。
5、病理活檢：您可能還會問，做了這些檢查是否能100%明確囊腫的良惡性了?也許經過上述一系列的檢查，醫生已經有了99%的把握，但最後那1%還是要通過手術後的病理結果來驗證。病理活檢就是將切下的囊腫組織製成超薄的切片，放在顯微鏡下仔細觀察，從而得知這部分組織到底發生了甚麼樣的變化。
