多見於外傷感染。主要病原菌為奴卡菌和足菌腫馬杜拉菌。 感染開始為丘疹或深部結節。結節逐漸擴大融合成腫塊，化膿形成瘻管，自體外排出膿液，損害可癒合、消散，以後又反覆出現臨床症狀。是由自然環境中的真菌或放線菌侵入真皮深層或皮下組織而引起的，以菌體包裹形成顆粒為特徵的慢性化膿性肉芽腫。皮膚和皮下組織具瘻管的化膿性肉芽腫，可見典型顆粒。顆粒周圍有中性粒細胞和其他炎症細胞浸潤。
病原菌不同表現在顆粒大小、硬度和顏色的不同，如馬杜拉足腫菌顆粒一般0.5mm大小，無菌鞘，質硬，黑色;而波氏足腫菌顆粒1mm大，有菌鞘，質軟，黃白色;馬杜拉放線菌顆粒一般大於0.5mm，質軟，有菌鞘，黃白色;而巴西奴卡氏菌顆粒0.5mm大，可有菌鞘，質軟，色白;只有白利梯足腫菌顆粒為紅色。上述致病菌除伊氏放線菌外都存在於土壤，也是植物的致病菌。
根據病原菌不同，足菌腫分為兩類：
真菌性足菌腫(eumycetic mycetoma)：病原菌包括形成白色顆粒的鐮狀黴、雷氏枝孢黴、吉林支孢黴、構巢麴黴、黃麴黴、茄病鐮孢、羅薩梯新龜甲形菌、假性阿利什黴(異名尖端賽多孢)，和形成黑色顆粒的新月彎孢、膝曲彎孢、甄氏外瓶黴、塞內加爾小球腔菌、湯普金斯小球腔菌、足菌腫馬杜拉菌、灰馬杜拉菌、羅麥盧棘殼孢和麥金諾棘殼孢。
