1首先，必須謹記二者均是由於子宮內膜異位生長所致的，並可並存。其次，子宮內膜異位症和子宮腺肌病的發病機制、臨床表現以及對激素的敏感性都是不同的，前者對激素比較敏感，而後者對激素不敏感，因此，藥物治療對前者的效果較好。
2子宮內膜異位症通常發生於卵巢，臨床表現為進行性加重的痛經、不孕、性交不適以及月經量多經期延長淋漓不盡等，其發生與經血逆流有關，因此個人防護應注意避免經期操作、經期性活動等。
3而子宮腺肌病則是由於子宮內膜腺體侵入子宮肌層，臨床表現為月經量多經期延長、進行性加重的痛經，通常是月經來潮前一週開始出現疼痛直至月經結束。婦科檢查可見子宮均勻一致的增大或者有侷限性的隆起，較硬並且有壓痛。其治療主要是症狀輕者用藥物止痛、緩解症狀;無生育要求的可行子宮全切。
注意事項：子宮內膜異位症與子宮腺肌病的鑑別相對較容易，但需注意的是子宮腺肌病與子宮肌瘤之間的鑑別，因為二者的臨床表現更為相近，可通過B超、化驗或者病理檢查明確診斷。
