中草藥種類繁多，如何分類，中國古老的中醫方面就已有記載，中草藥如何分類，不同的鉅著種分類規則不太相同，下面就其分類情況進行了簡單介紹，同時將中藥材的分類做了一些總結。
《神農本草經》中按照毒性強弱、用藥目的不同分成上、中、下三品。
《本草經集註》把藥物分為玉石、草、木、果菜、米食等六類，每類又分上、中、下三品，這是根據藥物自然屬性進行分類的開端。
《本草綱目》分類方法有重大的發展，明代李時珍把以前本草的分類方法略加修改，將藥物分為水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等16部，同時又把各部的藥物按照其生態及性質分為60類。
中草藥如何分類?可按照以下規則進行：
按藥物功能分類
如解毒藥、清熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。有利於學習和研究中草藥的作用和用途。
按藥用部分分類
如根類、葉類、花類、皮類等。便於學習和比較各類藥材的外部形態和內部構造，因而有利於藥材的性狀鑑定和顯微鑑定。
按有效成分分類
如含生物鹼的中草藥、含揮發油的中草藥、含甙類的中草藥等。有利於學習和研究中草藥的有效成分及其化學鑑定。
按自然屬性和親緣關係分類
先把中草藥分為植物藥、動物藥和礦物藥。動植物藥材再根據其原植物、動物的親緣關係來分類和排列次序。如麻黃科、木蘭科、毛茛科等。
中藥材的分類又可分為下面幾種：
常用中藥材約有500種，其中植物藥409種(佔81.8%)，動物藥59種(佔11.8%)，礦物藥32種(佔6.4%)。
植物類藥材：除了少數是全草入藥外，大多數均用植物的一部分。例如：人參用根、麻黃用莖、桑葉用葉、菊花用花、五味子用果實、車前子用種子等。按植物的來源又分為野生藥材和人工栽培的藥材。古代藥材多為野生,一般認為野生比家種的好。野生藥材產量較少,難於滿足用藥需要，目前很多藥材由人工栽培。
動物類藥材：除某些蟲類藥材外，動物類中藥材多數只用其中一部分。如羚羊、犀角只是用角，穿山甲用其甲片，虎用其骨等。有些動物的生理病理產物如牛黃、麝香、珍珠等亦供藥用。
礦物類藥材：以天然礦物為主，如硫磺、磁石、硇砂、硼砂、石膏等。化石類如龍骨、石燕，其他如樹脂類的琥珀等亦可作藥用。
動、植、礦物加工的藥品：如植物發酵製成的神曲，熬煉驢皮、鹿角得到的阿膠和鹿角膠等。礦物用昇華法制成的有紅升丹、白降丹等。中藥材的採收通常在有效成分含量最高時進行，才能得到優質的藥材。除了某些藥材有特殊要求外，植物的地下部分(根、根莖、根皮)應在該植物的地上部分最不發達時採收;全草、莖枝及葉類多在莖葉茂盛季節採收;果實和種子類藥在完全成熟時採收;樹皮類藥物應在植物漿液豐富時剝取;蟲類藥物如地龍、蠍子等應在夏秋季捕捉。採收野生藥材時，應注意保護資源。
