在一些使用者中，所有形式的膠原蛋白製劑都可能發生過敏反應，而大多數過敏反應的報告來自注射的膠原製劑。這些過敏性反應，包括噁心，流感樣症狀，發熱，皮疹，蕁麻疹，皮膚脫皮。可能出現紅疙瘩並造成皮膚損傷，並往往會導致疤痕發生。注射部位周圍出現腫塊已有報告，導致皮膚質地不均勻，冷結節和眼瞼下垂。不太常見，但是更加危險的過敏反應可以有：細菌性感染，視力模糊，呼吸急促，血壓降低和胸部疼痛等。 使用注射膠原蛋白時，可能會在注射部位出現疼痛。痠痛，刺痛感和瘀傷。皮膚瘙癢，腫脹和發紅也不少見。比較少見但有可能發生的副作用，是在注射及附近部位出現組織發硬及周圍皮膚過敏。 其他少見但嚴重的副作用多見於注射或口服膠原蛋白的用戶，可以發生尿路感染，尿瀦留和膀胱感染。血尿，尿便失禁，罕見的膿腫和開放性潰瘍等副作用也可能發生。因此，在決定是否使用各類膠原蛋白補充製劑時，每個人都應該瞭解這些可能發生的副作用。 在決定是否使用或使用哪類膠原蛋白補充製劑之前，最明智的做法是獲得醫生的建議和指導。儘管可能獲得重新煥發活力的頭髮和膚色，減低食慾，以及增加指甲強度等好處具有很大吸引力，而瞭解和權衡使用膠原蛋白可能產生的負面結果也是重要的。使用膠原蛋白製劑的副作用發生率平均在1-2%左右，但大多數人出現的症狀會在1-2個月內消失。此外值得提醒的是，在大部使用者中充填膠原蛋白的效果可能僅能持續一至六個月，在某些情況下效果最多可持續到兩年，
因此，使用和填充膠原蛋白也不能永久性的解決美容的問題。
