一般認為隱孢子蟲病多發生在2歲或5歲以下的嬰幼兒，男女間無明顯差異，溫暖潮溼季節發病率高，農村比城市多，沿海港口城市比內地多，經濟落後、衛生狀況差的地區比發達地區多，畜牧地區比非牧區多。但這些情況並非絕對，也有相反的例外報道，如在芬蘭旅遊者到外地受感染是主要途徑，因此，該地區的成人感染多於兒童，城市高於農村。
2.傳染源 隱孢子蟲病人的糞便和嘔吐物中含大量卵囊，多數患者在症狀消退後仍有卵囊排出，可持續幾天至5周，這是主要的傳染源，而健康帶蟲者和恢復期帶蟲者也是重要的傳染源。據Robert等最近報告，在21例免疫功能正常而無腹瀉患者的十二指腸引流物中發現了隱孢子蟲卵囊，可是在其糞便內查到的僅不到半數(46.7%)，說明不伴腹瀉的帶蟲者是存在的。交叉試驗證實，牛、羊、貓、犬和兔等動物的隱孢子蟲卵囊亦可感染人，成為畜牧地區和農村的重要動物源性傳染源。
3.傳播途徑 日託中心隱孢子蟲病的爆發、家庭接觸爆發以及護理該病的醫護人員感染率高等報道提示，人際的相互接觸是重要的傳播途徑。近三年來，英、美等國報道了水源瀑發的問題，如只有不到65000人口的西部佐治亞洲，大約13000人發生了胃腸炎，其中39%的患者糞檢隱孢子蟲卵囊陽性，飲用自來水者患胃腸炎的危險性高於不飲用者，危險度為3：1，在自來水中也找到了卵囊。這是一次大範圍的水源瀑發。當今，用於消毒自來水的氯化物的濃度不能殺死卵囊，因此一旦水源汙染，易引起爆發流行。
4.易感人群 人對隱孢子蟲普遍易感。嬰幼兒、艾滋病患者、接受免疫抑制劑治療的病人，以及先天或後天的免疫功能低下者則更易感染隱孢子蟲。大量應用多種抗生素、患水痘、麻疹和經常感冒者等均易感本蟲
