(一)針對傳染源
患者應及時隔離治療。
隱孢子蟲的保蟲宿主包括：哺乳動物, 鳥, 魚和爬行動物，動物間、動物與人之間可以交叉感染，如牛的隱孢子蟲可以感染人。其他保蟲宿主有：豬、貓、鹿、豚鼠、小鼠、大鼠、羊。幼年動物排卵囊數更多。對動物飼養場有針對性地採取消毒、隔離措施，包括動物糞便無害化處理，動物常規檢疫等防治措施。
(二)針對傳播途徑
防止水源及食物的汙染極為重要。飲用水取水口應重點保護，防止受汙染，應當遠離動物飼養場所。
病人與病畜的糞便應加強管理以防止糞便汙染食物和飲水;卵囊在外界抵抗力強，常用的消毒劑不能將其殺死，10%福爾馬林、加熱65～70℃30 分鐘可殺死卵囊。病人用過的腸鏡等器材、便盆等，在3%漂白粉澄清液中浸泡15 分鐘後再予以清洗。
(三)針對易感人群
人體志願感染的實驗中，30 個卵囊可使20%的人、100 個卵囊可使 40%的人感染， 由此推算最小感染劑量時是1個卵囊就可使人感染。加之卵囊的抵抗力強，所以，對於該病的預防措施是加強衛生宣傳和管理，切實搞好環境和個人衛生。
提倡熟食，動物、水產品一定要煮熟，尤其要避免生食貝類食品，隱孢子蟲卵囊在牡蠣中可生存>2月。有多次食源性隱孢子蟲暴發感染是由於食品加工人員手汙染了卵囊，接觸食品造成人群感染。
最有效的預防措施是養成常規或經常洗手、飲用燒開水的習慣
