一個最常見的副作用是消化系統紊亂。服用魚油膠囊後,許多人有輕微反胃和胃脹氣現象。增加腸胃脹氣和口中"魚腥"味兒也是魚油服用者中的常見現象。有時,這些症狀緣於變質魚油,所以,超過保質期的產品一定不要使用。隨餐服用也是減少討厭的魚腥味兒的一個辦法。一旦身體調整適應,服用魚油導致的這些輕微卻常犯的副作用將會降低。
服用魚油膠囊的另一個潛在問題是增加出血的風險。因為魚油膠囊影響血小板凝血功能,因此有人擔心它們可能會對某些個體引起出血問題。這就是為甚麼服薄血藥的人不能服用魚油--尤其是一天超過兩克。近來一些專家質疑這種風險--認為它過於理論化,但出於謹慎避免犯錯總是好的。