目前，眾多的脫敏、消炎護齒、除臭止血等類藥物牙膏應運而生，其廣告宣傳鋪天蓋地，許多人便將藥物牙膏當作防治口腔疾病的靈丹妙藥，不管有沒有牙病一律使用藥物牙膏，這種做法是不妥當的。口腔中的細菌分為致病菌和非致病菌兩類。它們互相制約，保持著口腔內的“生態平衡”。
長期使用殺菌力強的藥物牙膏，不僅會使口腔中的致病菌產生抗藥性，而且在抑制、殺滅致病菌的同時，也會抑制、殺滅口腔中的正常菌群，使口腔中的“生態平衡”遭到破壞，引起新的口腔疾病和新的感染。另外，有些藥物牙膏中含有生物鹼和刺激性強的物質，長期使用，不但損害口腔內嬌嫩的粘膜，還會因長期不斷的刺激，使牙齦、口腔、舌頭等處發炎而引起牙齦炎、口腔炎、舌炎等;有過敏性喘咳的人會因藥物牙膏的刺激性異味而發生喘咳和腸胃不適，有些藥物牙膏還含染色素，長期使用會汙染牙面，使牙齒失去光澤，影響牙齒美觀。
此外，使用藥物牙膏刷牙，部分藥物可能會進入腸道。試驗表明，有些藥物牙膏對大腸桿菌有較強的抑制作用，而腸道中的大腸桿菌，能合成維生素B、K等，進入腸道中的藥物牙膏，抑制大腸桿菌的生長，使腸道中的大腸桿菌數量減少，則可能引起人體的維生素B、K等缺乏。
