首先我們要明確的是，亞麻籽油是一種食用油，也就是說它是食物的一種。一般講副作用都是指藥物、保健品之類的，如果說食物也有副作用，那隻能說是過量食用，或者在食用者本身身體就不健康的情況下才會發生一些不適症狀，因此，一般不會說吃某種食物會產生副作用，亞麻籽油也就無所謂有副作用之說。作為食用油的一種，正常情況下，健康人按每日所需食用量食用亞麻籽油不會發生不適症狀，但在食用過量、食用方法不當或有某些特定疾病的情況下，不排除有一些不適症狀的發生。
如一次食用過量，可能會出現噁心、嘔吐、腹瀉等腸胃不適現象，長期食用過量，會導致肥胖、心腦血管疾病等的發生，因此，正常人每日食用油量維持在25~30g即可，無特殊情況亞麻籽油的食用量不可超過這個範圍;另外，亞麻籽油具有促進胃腸蠕動的作用，如果本身就患有腹瀉，那麼吃了亞麻籽油可能會使腹瀉更加嚴重，不僅僅是亞麻籽油，其他食用油吃多了也會加重腹瀉患者的症狀，但如果是正常人或者是便秘患者，食用亞麻籽油則有助於減少便秘。
亞麻籽油具有健腦明目、預防心腦血管疾病、抑制過敏反應、抗癌等作用，經常食用亞麻籽油有助於預防及在一定程度上減緩這些病症，因此，作為一種食物，正常人適量食用亞麻籽油不僅沒有副作用，反而會起到一種食療養生作用。
