手術繁瑣，一般要2-4次就診才能完成。病人要承受的痛苦也較大。
價格昂貴，例如在美國一顆牙齒的手術一般需要1，000美元，如加上牙冠則可達2，000美元。
可能失敗，消毒不徹底導致牙髓腔再次感染，導致需要拔牙。具有4根根管的臼齒，第四根根管容易被錯過，導致失敗。另外形狀異常的根管，消毒充填過程中也可能不徹底。
根管治療手術失敗後不一定需要拔牙。
根管治療迄今仍是牙髓和根尖周病的主要方法。因此人們非常關注根管治療的療效，尤其是一些經過高標準治療仍然失敗的原因一直深受醫師的關注。究其原因歸納起來有以下幾方面：
解剖學因素，包括側支根管、副根管、根尖分歧和根尖分叉等;
治療過程中的醫源性因素如根管側穿未發現，根管超填，冠部封閉狀態欠佳和治療過程中紙尖、棉捻的遺留等;
根管內微生物感染未得到控制，近年來根管外的感染尤其受到學者們的關注。
目前對於根管失敗的再治療，首選仍是保守性根管治療，即通過分析失敗原因選擇合理的根管治療手段，如超聲、激光、微波等，選擇對根管細菌敏感的藥物處理根管，採用垂直的熱加壓充填技術充填側支根管、副根管等。在保守治療無效的情況下，可以考慮根尖手術，但要嚴格地掌握適應徵和禁忌症。根管治療失敗的再治療成功率，採用保守治療約為66%，失敗率為23%，根尖手術成功率為59%，失敗率為19%，二者之間無顯著性差異。
