水母的身體有95%以上是水份，其他則是蛋白質和脂質所構成，所以水母的身體會呈現透明狀，就是因為身體內的水份之故。水母具有三胚層，最外是表皮層(epidermis)，最內層則是胃皮層(gastrodermis)，由胃皮層構成一簡單的體腔，只有一個開口，兼具口及排洩的功能，在表皮層及胃皮層之間的則是中膠層(mesoglea)。以缽水母為例，水母的身體有幾個構造：
胃腔
即是由胃皮層所形成的胃腔，也是水母的消化系統，胃腔內有胃水管系統(Gastrovascular cavity)，內有許多的觸手狀的胃絲(Gastric filament)，胃絲上又有刺絲胞(Nematocyst)，可將吃進來的餌麻醉，再放出消化液來進行消化。生殖腺也是位於胃腔壁上，同樣是發源於胃皮層(Gastrodermis)。
感棍
在水母翼的邊緣均分有八個感棍(Rhopalium)，內有一個平衡胞、小眼(Ocellus)及兩個感覺窩(Sensory clubs)，是在水中平衡其身體及觸覺之用，可說是水母的感覺器官。其中，箱形水母擁有24個眼睛，360°的視覺感官。
傘帽
傘部邊緣有六個感覺器官，一旦有物體靠近他們就會根據海水中的次聲波快速逃走.
觸手
在水母翼的邊緣有許多細小的觸手，觸手的前端有刺胞，刺胞可捕捉浮游生物及攻擊敵人。
