臨床腎結核為一進行性發展疾病，如果不予治療，從臨床病症出現時起，生存5 年者不足30%，生存10 年者不足10%，如果能獲得早期診斷並進行及時充分的現代抗結核治療，則腎結核應當能全部治癒，且多可不必採用手術治療。
gow(1984)分析不同年代所治療的泌尿生殖繫結核1117 例，在1947～1955年治療的500 例，死亡數為111 例(22.2%)，而在1970～1981 年採用現代短程治療後的135 例，死亡者4 例(3%)，病死率顯著下降。
影響患者預後的關鍵在於早期診斷，各地統計第1 次就醫獲得正確診斷者為數不多，說明腎結核的早期診斷尚有待提高，如果診斷延誤，致使膀胱病變加重，或雙側腎臟均被結核侵犯，則預後不良，身體其他部位合併有活動結核者，如肺結核、腸結核、骨結核等則預後也較差。
