腎結核的預後在抗結核藥廣泛應用的前後大不一樣。在過去無抗結核藥物時代，如果腎結核不予藥物，不作手術的病例，從臨床出現症狀起，生存5年者不足30%;能生存10年者不足10%;而經腎切除治療的病人有55～60%的病例可望治癒。在應用抗結核藥物治療後的死亡率已低於4%。
影響腎結核預後的因素有下列幾種：
(一)全身情況和泌尿系外的結核病狀況腎結核病人如果全身情況良好，泌尿系外結核病輕而穩定，則腎結核治療效果較好。若全身情況不好，又有其他器官嚴重結核，則腎結核的手術後死亡率顯著增高。
(二)膀胱結核的有無和結核病變的嚴重程度膀胱結核的嚴重程度對預後的影響極大。腎結核在病灶波及膀胱之前進行病腎切除，或在早期輸尿管阻塞的腎結核病例切除病腎，則病人可全部恢復，並不遺留泌尿系的後遺症或餅發症。Himman指出腎切除術前膀胱未被結核侵犯者，則5年治癒率達100%，若一旦膀胱被侵及，則5年生存率下降至60%。據上海中山醫院腎結核207例腎切除隨訪情況觀察，病腎切除前膀胱結核性炎症存在不滿1年者術後68.7%結果滿意，而炎症已達1～6年者術後53.6%情況不滿意。由此可見，結核性膀胱炎存在之時間與預後亦有很大關係。實際上炎症時間的長短提示炎症深入膀胱壁之深淺，代表著膀胱攣縮的機會。
(三)對側腎有無結核病變和功能情況 結核腎臟切除的病人，其對側腎的情況對預後至關重要。在應用抗結核藥前的一組1，131例結核腎切除病例統計，對側腎尿液顯微鏡檢查正常者，則5年中65.2%治癒，20.3%死亡;對側腎尿結核桿菌動物接種陰性者，則5年中75.2%治癒，13.3%死亡;而對側腎尿結核桿菌陽性者，則5年中21.8%治癒，41.8%死亡。而在應用抗結核藥後情況就完全改變了，雙側腎結核病例5年內死亡率從80%下降到8%。
(四)治療的時機和正確性 隨著抗結核藥的不斷髮展，腎結核的治療原則有了顯著改變，大多數病例可以通過藥物治療得到痊癒。早期診斷和及時的確切治療是治療腎結核的關鍵。治療措施必須符合具體情況的要求才能取得好的效果。不少學者認為早期的泌尿繫結核 幾乎沒有不能通過長期使用抗結核藥物治癒的。國外已很少為泌尿繫結核病人進行手術處理，甚至有人認為藥物治療可以代替手術。但這種看法是不恰當的。對有些病例，如無功能腎或功能很差的一側腎結核，或一些血運差、封閉堵塞性空洞，或病變廣泛、破壞嚴重的病灶，抗結核藥不能進入的病例，均需施行手術治療。尤其是要掌握結核性膀胱炎的程度比較輕，炎症的時間比較短的時機對結核性病腎及時手術處理可以取得滿意效果。對於腎結核而發生晚期併發症的病例，也必需採用手術進行治療。
