總的來講，IVF技術是安全的，但可能會出現一些併發症。
1.卵巢過度刺激綜合徵(OHSS)由於多個卵泡生長，導致體內一些因子發生改變，使得血管內液體漏到腹腔，甚至胸腔內，引起胸腹水。發生率約為10%。多數人症狀較輕，表現為腹脹、腹部不適、輕度噁心，可以不予處理;但少數人會出現嚴重腹脹、少尿、腹痛、納差，甚至出現胸悶、氣短等症狀，此時需要給予靜脈補液，甚至收入院治療。不足1%的人可能發生血栓或腎功能衰竭。
2.取卵造成的副損傷①膀胱損傷，患者可以出現血尿，通常通過留置尿管，進行膀胱沖洗，可以達到止血的目的。②偶爾會穿刺到腸管或盆腔內血管。③卵巢出血：少數情況下被穿刺的卵巢會持續出血，有時甚至需要開腹止血。④盆腔感染
3.卵巢扭轉由於促排卵治療導致多個卵泡生長，或取卵後形成多個黃體囊腫，使卵巢明顯增大，此時當婦女活動過度或改變姿勢過於迅速時，會導致卵巢扭轉。患者會出現突發的劇烈腹痛，可伴有噁心、嘔吐，如果扭轉的卵巢不能及時復位，可能需要手術治療，嚴重時需手術切除壞死的卵巢。
4.多胎妊娠由於移植多個胚胎到子宮，因此IVF技術導致的多胎妊娠率顯著高於自然妊娠，約為25～30%左右。多胎妊娠晚期流產和早產的風險顯著高於單胎妊娠，母親患妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓疾病、發生難產和產後出血的風險顯著增加。因此，多胎妊娠對母兒都不利。目前許多IVF中心為降低多胎妊娠率，開始減少移植胚胎數，或進行單胚胎移植。對於三胎或三胎以上妊娠者，必須進行減胎，而對於雙胎妊娠者，建議患者減胎。
5.宮外孕一般人群宮外孕的發生率為1%～2.5%。雖然IVF是將胚胎移植到子宮內，但由於輸卵管趨化因子對胚胎的影響，胚胎會遊走到輸卵管內，在輸卵管內著床、發育，造成宮外孕。有時胚胎還會種植在宮頸等部位。因此，接受IVF治療並不能防止宮外孕的發生，相反，接受IVF治療的婦女宮外孕的發生率高於一般人群，為2%～4%。經IVF技術產生的後代的安全性。
