導致上吐下瀉的原因常見的有以下幾個：
胃腸炎：是上吐下瀉最常見的原因之一，可以發生在嬰兒、兒童和成人。胃腸炎可以由很多不同的病毒引起，最常見的致病菌是輪狀病毒，由於腹瀉住院的小寶寶中有一半是感染了這種病毒，好發於秋末冬初。
細菌感染：嚴重上吐下瀉，同時有腹痛、血便、發燒，往往是由於病毒或細菌感染引起的。這種感染有些是可以自愈的，但有些也可能非常嚴重。
寄生蟲感染：寄生蟲感染也是引起上吐下瀉的原因之一。比如賈第蟲病就是由一種寄生在腸道內的、要在顯微鏡下才能看到的寄生蟲引起。集體生活時寄生蟲很容易傳播，而且需要特殊藥物治療。所以養成良好的衛生習慣，比如更換尿布後勤洗手，是終止寄生蟲感染傳播的最好方法。
抗生素：有些抗生素使用不當會造成腸道菌群失調，引起上吐下瀉。
食物因素：因為飲食不當造成上吐下瀉。
牛奶過敏：牛奶過敏引起上吐下瀉並不少見。
