前列腺炎治療難的第一個原因也是最根本的原因，前列腺體本身的解剖和生理特點造成的。前列腺的位置深，尤其是前列腺脂質包膜的特殊結構讓藥物治療非常困難;
前列腺炎治療難的第二個是前列腺炎病因診斷的不明確。讓臨床的治療工作面臨很大困難，往往由於治療上目的不明確，沒有針對性，造成前列腺炎遷延難愈。
前列腺炎治療難的最後一方面就是忽視性伴治療。很多因性病導致前列腺炎的患者，只知道自己看病，忽略了性伴的檢查和治療。結果形成感染——治療——再感染——再治療的惡性循環;尤其是一些患者對前列腺炎缺乏正確的認識，不規範治療和用藥使細菌等致病微生物產生耐藥，給醫生治療帶來了相當大的難度。
