主要經呼吸道傳播，通過密切接觸感染的禽類及其分泌物、排洩物，受病毒汙染的水等，以及直接接觸病毒毒株被感染。在感染水禽的糞便中含有高濃度的病毒，並通過汙染的水源泉由糞便-口途徑傳播流感病毒。目前還沒有發現人感染的隱性帶毒者，尚無人與人之間傳播的確切證據。
人類對禽流感的研究和防治工作已有100多年的歷史。目前研究結果表明，禽流感病毒中缺乏人流感病毒的基因片段，除非禽流感病毒與人流感病毒發生基因重組，否則它很難侵犯人類，導致人與人間傳播。人禽流感的發生，目前只可能是因接觸的病禽而感染。人感染病毒的幾率很小。
一般認為任何年齡均具有易感性，但12歲以下兒童發病率較高，病情較重。與不明原因病死家禽或感染、疑似感染禽流感家禽密切接觸人員為高危人群。
單純型流感
僅有上呼吸道卡他性炎症變化，黏膜可見充血、水腫及淋巴細胞浸潤。纖維上皮細胞變性、壞死、脫落。
肺炎型流感
肺臟是暗紅樣水腫。氣管、支氣管內有血性分泌物、黏膜充血，其纖毛上皮細胞壞死脫落，黏膜下層灶性出血、水腫和白細胞浸潤，肺泡中有纖維蛋白滲出液，含中性粒細胞及淋巴細胞。肺中葉肺泡有出血，肺泡內可有透明膜，肺組織易分離出流感病毒。
嚴重併發症型流感
主要病理改變為肺實變。由於肺間質水腫、間質負壓減小，增加小氣道陷閉傾向，導致肺不張;肺泡膜表面活性物質減少，肺泡亦陷隱閉;加之肺充血，使肺容量減小和肺順應性下降，導致急性呼吸急迫綜合徵等嚴重併發症。
