慢性粒細胞性白血病歸因於一類顯著的基因異變，此類染色體易位稱之為費城染色體。在這個染色體易位過程中，兩個染色體9號染色體與22號染色體發生易位，此導致在22號染色體的BCR基因與9號染色體的ABL基因相融合。而這種異常“融合”基因產生了一個重達p210或p180的蛋白質p為計量細胞內蛋白的質量單位，相當於KDa。因為ABL基因通常運送一種結構域，增加磷酸鹽族群到酪氨酸殘基一種酪氨酸激酶，而Bcr-abl融合基因產物也是一種酪氨酸激酶。 慢性粒細胞性白血病的病因
1.細胞動力學 導致慢性粒細胞白血病的原因來自不同的因素，慢粒時全身粒細胞總量有明顯增加，而這種數量的增加並非慢粒白血病，靶向藥物格列衛由於白血病細胞的迅速分裂和增殖，亦不是因成熟障礙所致，是白血病細胞通過增殖池以及血中的時間延長，以白血病化的幹細胞池擴大，正常造血幹細胞池縮小導致大量細胞的積聚。
2.G6PD同工酶 慢粒的克隆性質進一步亦為G6PD同工酶的研究所證實。目前已知G6PD 的基因密碼子定位在X染色體上，在女性體細胞中二個G6PD調節基因僅其中之一處於活動狀態。作為G6PD雜合子的女性，體內應存在著二種細胞群體，即 G6PDA和B同工酶。研究發現攜帶有G6PD同工酶的雜合子女性慢粒中，其粒細胞、單核細胞、紅細胞及淋巴細胞僅有一種A型或B型的G6PD同工酶，更進一步地提示慢粒的病變起源於多能幹細胞水平上。
3.Ph1異常 Ph1是CML的標誌性染色體變化，由非隨機t9;22q34;q11形成。在9 號染色體斷裂點上有c-abl基因，它的變異性可大於100kb。bcr基因位於22號染色體，是一個變異性很小的5.8kb DNA小片段，易位後22q-和9q 結合部形成bcr/abl融合基因，編碼一個特異的210kb蛋白質P210，它是一種酪氨酸激酶，在腫瘤的發病中起作用。
4.脾臟因素 要正確的認識到發生慢性粒細胞白血病的主要病因，脾臟在慢粒發病機理中所起的作用，雖尚未闡明，但許多實驗和臨床觀察表明脾臟有利於白血病細胞移居，增殖和急變。 BCR-ABL融合蛋白又與白細胞介素-3受體亞基相互作用。BCR-ABL保持持續活動狀態並不需要其他細胞信息蛋白的激活。此外，BCR-ABL 更釋放了大量控制細胞循環的蛋白，並加速細胞分裂。更有甚之，BCR-ABL蛋白抑制了DNA修復，引發基因組的不穩定性，並使細胞更易產生遺傳變異。 BCR-ABL蛋白活動機制，是慢性粒細胞性白血病的病理學意義上的原因。基於對BCR-ABL蛋白以及酪氨酸殘基的研究，靶向治療首先被採用的是伊馬替尼則著重於特別地抑制BCR-ABL蛋白的活動。在治療慢性粒細胞性白血病中，這種酪氨酸殘基抑制劑可以發揮很大的緩解作用，並證實BCR-ABL蛋白反應是慢性粒細胞性白血病的核心原因。
