口腔是病毒感染的常見部位.有些在臨床上是明顯的,主要在免疫妥協者.皰疹病毒感染將討論於後.
經常的致病因子是鏈球菌.由肺部的痰接種在口腔中的結核分枝桿菌可引起口腔潰瘍.梅毒可產生初發的下疳.如果不治療可產生繼發的粘膜斑和三期樹膠腫淋病奈瑟菌產生牙齦和舌的灼傷樣潰瘍以及咽炎.面頸部的放線菌病(多塊的頜骨)與真菌感染相似,但卻是細菌感染膿性分泌物中的黃色(硫磺)顆粒為診斷的特徵.
白色念珠菌及其相關亞種是口腔正常菌叢成員.在服抗生素(特別是廣譜抗生素)或皮質類固醇者和衰弱的患者口腔中(如艾滋病患者)他們能過度生長.通常看上去唸珠菌病好像乾酪樣凝乳狀物,當擦去後,遺留粗的,出血的表面.慢性紅斑型和糜爛型更難以識別.口腔和非經口的病損常出現在酵母菌病,組織胞漿菌病,球孢子菌病,隱球菌病(主要在衰弱的患者)和毛黴菌病(尤其在糖尿病患者的竇腔中).
由於菌狀乳頭的肥大猩紅熱可出現草莓舌.糙皮病出現光滑火紅色的舌和口腔疼痛,口腔潰瘍.出血性口腔病損可出現於多形紅斑(見下文),壞血病,白血病,血小板減少性紫癜和血小板其他疾病.無故出血,唾液分泌減少和氨味,常伴有尿毒性口炎.