最常見的併發症是肺炎。一般以繼發性細菌性肺炎較常見,以金黃色葡萄球菌、肺炎球菌和嗜血桿菌為多見。原發流感病毒肺炎較少見, 多見於原有心、肺疾患者(特別是風溼性心臟病、二尖瓣狹窄患者)或孕婦,病死率較高。
其他併發症包括Reye's綜合徵、中毒性休克綜合徵。Reye's綜合徵限於2~16歲的兒童,主要與B型流感(或水痘、帶狀皰疹)有關。臨床上在急性呼吸道感染數日後出現噁心、嘔吐、繼而嗜睡、昏迷、驚厥等神經系統症狀,進一步發展為昏迷,近年來認為與服用阿司匹林有關。中毒性休克綜合徵多在流感後出現,伴有呼吸衰竭,胸片可顯示成人呼吸窘迫綜合徵,但肺炎病變不明顯。血液中可有流感抗體上升,氣管分泌物可找到致病菌,以金黃色葡萄球菌為多見。