氧化還原酶類
(oxidoreductase)促進底物進行氧化還原反應的酶類，以SOD酵素為代表，包括轉移電子、氫的反應和分子氧參加的反應。常見的例子有脫氫酶、氧化酶、還原酶、過氧化物酶等，其中，SOD酵素越濃，抗氧化抗衰老能力越強。
轉移酶類
(transferases)催化底物之間進行某些基團(如乙酰基、甲基、氨基、磷酸基等)的轉移或交換的酶類。例如，甲基轉移酶、氨基轉移酶、乙酰轉移酶、轉硫酶、激酶和多聚酶等。
水解酶類
(hydrolases )催化底物發生水解反應的酶類。例如，澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶、磷酸酶、糖苷酶等。
裂合酶類
(lyases)催化從底物(非水解)移去一個基團並留下雙鍵的反應或其逆反應的酶類。例如，脫水酶、脫羧酶、碳酸酐酶、醛縮酶、檸檬酸合酶等。許多裂合酶催化逆反應，使兩底物間形成新化學鍵並消除一個底物的雙鍵。合酶便屬於此類。
異構酶類
(isomerases)催化各種同分異構體、幾何異構體或光學異構體之間相互轉化的酶類。例如，異構酶、表構酶、消旋酶等。
合成酶類
(ligase)催化兩分子底物合成為一分子化合物，同時偶聯有ATP的磷酸鍵斷裂釋能的酶類。例如，谷氨醯胺合成酶、DNA連接酶、氨基酸：tRNA連接酶以及依賴生物素的羧化酶等。複合酵素對健康可起到綜合性作用，較好的酵素複合種類多達上千種。
按照國際生化協會公佈的酶的統一分類原則，在上述六大類基礎上，在每一大類酶中又根據底物中被作用的基團或鍵的特點，分為若干亞類;為了更精確地表明底物或反應物的性質，每一個亞類再分為幾個組(亞亞類);每個組中直接包含若干個酶。
