雖然咖啡灌腸能夠排除腸道毒素，但是依舊存在一些副作用：
1、咖啡灌腸液中的酸會刺激肛門皮膚，可能會使痔瘡惡化。因此，直腸有出血性傷口的人也不適合。
2、若體力不好、身體虛弱的人，進行灌腸後會急速排便，可能引起體內鈉或鉀等礦物質的平衡失調，進而引起貧血現象。
3、孕婦不宜進行咖啡灌腸，尤其在懷孕初期更是禁忌，過於刺激腸道可能引起子宮異常收縮。
若讀者選擇咖啡灌腸，也要關注一些值得注意的事項。
1.灌腸的時間不要太匆促，時間可自行控制於15至30分鐘，過程中可聽音樂放鬆心情。
2.進行咖啡灌腸的次數最理想為早晚各1次，最適合的時機為飯後1小時。如果是剛開始進行的人，一天進行1次即可。
3.對於咖啡因等化學物質會產生過敏的人，應將咖啡稀釋成4倍之後再使用。灌腸後，大腸如果發生過度蠕動的情形，應暫停進行並請教專業人員。
4.咖啡中的酸會刺激肛門的皮膚，可能會使痔瘡惡化，或引起裂痔、脫肛、肛門炎等。因此在灌腸結束之後，建議將沾了肥皂的手指伸入肛門內約2～ 3，再以溫水清洗，擦拭乾淨後於肛門部位塗抹凡士林，以預防痔瘡的發生。
5.進行咖啡灌腸會讓大腸的水份流失，灌腸前後應多喝水或蔬果汁，可搭配纖維素、益生菌及竹碳微粒加強效果。
6.上廁所時一定要做腹式按摩以貫徹效果。
7.灌腸液以1000㏄左右最理想。但可依個人情況，逐漸增加灌腸液的容量至1000㏄左右。
8.咖啡灌腸是協助將大腸內的廢物排除乾淨，縮短廢物在腸內的滯留時間，並無法取代每日正常的排便。
