一、將灌腸袋清洗乾淨後關上止水閥
咖啡灌腸使用的灌腸袋，其實就是在點滴袋上加裝鼻胃管，在一般醫療器材店都可以買得到。每次使用過後清洗乾淨，可以重複使用。
二、將咖啡灌腸液加入約37℃的溫水
除了加入接近人類體溫的溫水，建議還可以加入約0.5公克的海鹽或海洋深層水來平衡電解質，使灌腸液的電解質更接近人體，提高滲透力。
建議剛開始進行咖啡灌腸的人，第一次只要加入600的水即可，讓身體先行適應，之後逐次再增加到1000。
三、將灌腸袋掛於高處
將裝入灌腸液的灌腸袋掛高，約莫一個人的身高即可。
四、擠出灌腸管中的空氣
打開灌腸管上的止水閥，讓液體流出同時將灌腸管內空氣擠出，之後再關上止水閥。
五、將灌管前端塗上乳液
建議可塗上乳液、液狀的維他命、蘆薈或是亞麻仁油等。
六、身體採右側躺
進行咖啡灌腸時，可以鋪個浴巾躺在床邊的地板上，地點最好不要離廁所太遠。
七、將灌腸管插入並打開止水閥
右側躺姿，並將左腳自然弓起，將灌場管輕輕放進肛門約15公分深，打開止水閥約1/3，約15～20分鐘可滴完。速度視各人情況調整，如果忍不住便意可放慢速度，或是先關掉止水閥，忍住30秒到1分鐘，等便意減低再繼續。如果真的忍不住，先去上廁所也沒關係，可以分兩次進行也不會影響效果。建議進行灌腸時可以聽聽音樂，放鬆心情。
八、躺正，進行身體按摩左側腹部約3～5分鐘
待灌腸液滴完後，身體躺正，可將雙腳翹起來靠在床上或牆上，身體形成型。然後從左腹部開始按摩，繞著肚臍以順時鐘方向進行，按摩3～5分鐘就可以上廁所了。這個時候其實已經會有便意，如果真的忍不住，省略按摩步驟直接去上廁所也可以。在按摩時會聽到肚子裡有水聲，這時灌腸液就像漱口水清潔口腔一樣在清洗腸壁。在上廁所時也可做順時針腹部按摩，幫助將宿便排乾淨。
九、灌腸結束後補充蔬果汁或礦物質及益生菌
在進行灌腸之前和之後都可以喝一杯蔬果汁，以補充流失的水分，同時也平衡一下體內的電解質，降低灌腸時因外來液體侵入可能發生的不適感。灌腸之後也可以吃一點乳酸菌。
十、清洗器材
灌腸結束之後，灌腸袋裡會留下一些咖啡渣，可以加入過濾水讓它流掉。接觸過肛門的那段灌腸管必須以肥皂清洗乾淨。袋內清乾淨之後，加入天然抑菌劑或酒精讓它再一次流掉，做為消毒。另外在管子的末端也必須進行消毒。
清潔後將灌腸袋和灌腸管保持乾燥，就可以重複使用。連續使用一個月之後再更換新的灌腸軟管。要特別注意的是，即使是家人，也不要共用同一支灌腸管。
