介於對有機咖啡灌腸的理念瞭解不夠，有些人誤認為這種治療手法不安全，欠科學。其實，人們已有70多年的運用咖啡灌腸治療便秘的濃厚時間沉澱，一代國母宋美齡女士生前每天進行一次有堅持幾十年的時間了，所以活到106歲，100歲還可以穿旗袍，她是用這種方法來保持年輕美麗身材苗條，臨床實驗證明它是一項行之有效的排毒方法。
咖啡灌腸“格爾森療法”中的一項，該療法創始人是德國著名治癌專家馬克斯.格爾森。
馬克斯.格爾森的治療方法中有一大亮點--有機咖啡灌腸療法，是將有機咖啡從肛門灌入體內，洗淨大腸，讓宿便排出體外，可以改善大腸整體的動作，也可以改善肝臟的功能。肝臟功能的改善對亞健康還有癌症的治療具有積極的意義。
為甚麼咖啡灌腸可以改善肝臟的功能?有很多人對此抱有疑惑，實際上，腸道和肝臟是密切相關的兩種臟器。
肝臟的功能在於分泌膽汁幫助吸收脂肪，使身體吸收的營養成份便於儲存，這就是肝臟的“代謝功能”實際上，將全身的毒素和老化廢舊物進行解毒的也是肝臟。
除酒精，各種各樣的化學藥品，食品添加劑，腸內腐敗物質產生的新的毒素都是通過肝臟來解毒的。
肝臟通過生物酶的作用，對毒素和老化廢棄物質進行解毒，膽管分泌出膽汁然後進入腸道，最終和糞便一起排出體外。
有機咖啡灌腸療法要以促進這個排洩過程順利進行。
首先，有機咖啡中有咖啡因和茶多酚等成分，這些成分可以幫助擴張膽管，提高腸道的排出功能。
但是，不管經過甚麼樣的處理，哪怕已經將毒素全部排洩到腸道，如果腸內環境已經惡化，滯留的糞便過多的話，最終也無法將毒素排出體外。因此，有機咖啡灌腸將大腸內的多的滯留便排出體外，這個過程是很重要的。
有機咖啡灌腸的目的是想洗淨大腸中肛門附近左側的部份。這個地方極易滯留糞便，同是也是容繁殖有害細菌的地方。如果每天都進行咖啡灌腸的話，可以防止腸內產生新的毒素，並可將肝臟處理過的毒素儘早排出。
有機咖啡裡有一種咖啡酸可以殺死腸道中的有害菌。如果喝咖啡會殺死體內很多的有益菌，阻礙它們的活動，而人肛門灌進去的有機咖啡只是到達腸道中有害菌很多的地方，這樣它們就不會殺死有益菌而只是殺死那些有害菌了。
有機咖啡的重要成分中有一種菸鹼酸，它可以代謝脂肪，降血脂，抗發炎，所以對於腰粗肚大者，三高人群者有很大的幫助。
同時裡面還有一種綠原酸，可以降血壓，降飯後血糖，對於慢性肝炎，酒精性肝硬化有很大的幫助，可能性提升肝功能的效果很顯著。
茶鹼，可以迅速打開膽管，讓肝臟的解毒物質順利排出。現代人的肝臟，飽受酒精，大吃大喝，壓力，生活環境惡化等因素侵擾，往往呈超負荷運轉。因此，改善腸道環境，遏制腸道新毒素的產生是很重要的。
有些人認為，如果一直堅持咖啡灌腸的話，就會產生依賴，大腸就會因此推動自身的排出能力。其實，這些人並沒有理解使用瀉藥進行灌腸和有機咖啡灌腸的區別。
每天給自己15分鐘的時間堅持30年的有機咖啡灌腸法，這樣一來即使在沒有用有機咖啡灌腸也照樣可以很好的排便。不會因為停用咖啡灌腸就無法排便。只是通過咖啡灌腸養成了定時排便的好習慣，哪怕沒有使用咖啡灌腸也會在固定的時間去廁所去排便。
而且，通過使用咖啡灌腸的人的腸道，他們的腸道健康相當好，腸道的蠕動也很活躍。
