在世界上許多地方，種植者使用殺蟲劑控制咖啡害蟲生長，往往高海拔地區潮溼、多霧咖啡更易受菌類侵害，故種植者常用殺蟲劑處理。 許多人認為咖啡生長期間只要未使用合成殺蟲劑、除草劑和化學肥料就可以稱為有機咖啡，實際上，只有在第三方(除咖啡製造者和採購商外)認證完畢的情況下才能稱為有機咖啡。
Organic Coffee 有機咖啡，及授權有機咖啡Certified Organic Coffee 是被第三方機構授權，是咖啡樹生長過程中，無化學原料不用農藥、殺蟲劑、除草劑及人工食物添加劑種植的;從土壤水質檢測、種植、培育、採收、生產都必須符合有機的條件、過程嚴格控管，是與大自然和諧共存下生產出來的高品質咖啡，對健康及環保都有很大的益處。
世界上只有很少部分的咖啡是真正意義上的有機認證咖啡，因為這個認證過程耗時相當長，大約三年時間。並且此種交易會造成咖啡產量下降多大50%。所以說，當咖啡種植者決定進行有機認證的話，也就意味著一場耗時、耗財的投資開始了。
有機高品質咖啡，真正好咖啡：
有機咖啡在栽培時並不使用任何的除蟲劑，以及其他化學藥劑來治療病蟲害或栽培問題， 而是使用天然的方法， 像是使用天然堆肥、築籬、 修剪等方法來維護咖啡樹之成長; 在控制蟲害方面使用純天然的生物控制方法、像是種植防護樹，以及利用其他各種自然的農作技術來確保咖啡樹的健康。 因為 土地、水源以及自然生態環境的永續性是有機咖啡業者所積極關注的。
有機高品質咖啡是天、地、人——天氣、土壤、愛心的精華傑作，一棵咖啡樹需要生長五年才能開花結果，一磅咖啡大約需要4000顆咖啡豆，完全以人工採收，而每一顆咖啡樹每年所收穫的咖啡果只夠生產一磅烘焙好的咖啡豆，物以稀為貴。
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選擇有機咖啡豆的理由：
1.保護下一代:減少曝露在農藥及除草劑等可致癌化學物質下之機會。
2.預防土壤衰竭:據土壤保護協會估計，自化學藥物開始使用並將可滋養土壤的植物摧毀後，土壤的流失是回復的七倍。
3.節約能源:現代式耕種適用較多石油製人造肥料種植及採收作物。
4.向化學藥物說『不』:EPA 已證實有60﹪的除草劑、90﹪的殺真菌劑及30﹪殺蟲劑都為致癌物。這些物質都可致癌並造成嬰兒畸形。
5.保護農人:保護農人的健康也是社會的責任之一。我們必須降低農人曝露在化學物質環境下的可能。在第三世界裡，使用農藥的安全較不被重視，逐漸形成一嚴重問題。
6.維護水質:採有機式耕作的農場將可為下一代保有優質水源。愛我們的土地,愛我們的地球!如果你鍾愛喝咖啡，就喝有機咖啡吧!
