細菌毒素(30%)：
(1)溶血素：金葡菌可產生四種不同抗原型的溶血素，α，β，γ和δ，皆可產生完全性溶血，α溶血素尚可損傷血小板，巨噬細胞和白細胞，使血管平滑肌收縮導致局部組織缺血壞死。
(2)殺白細胞素：殺死白細胞和巨噬細胞或破壞其功能，使細菌被吞噬後仍可在細胞內生長繁殖。
(3)腸毒素：為產生食物中毒的外毒素，至少有A，B，C1，C2，D和E六種，口服少量即可引起嘔吐和腹瀉。
(4)表皮溶解毒素(epidermolytic toxin)：此毒素可使皮膚表皮淺層分裂脫落產生大皰型天皰瘡等症狀。
(5)產生中毒性休克綜合徵的毒素(toxic shock syndrome toxin，TSST)。
(6)產紅疹毒素：為噬菌體Ⅱ組71型金黃色葡萄球菌所產生，臨床上有猩紅熱樣皮疹。
酶(30%)：
葡萄球菌可產生蛋白酶，脂酶和透明質酸酶等多種酶類，這些酶的致病作用尚不明確，但具破壞組織的作用，可能促進感染向周圍組織擴散，此外還有幾種酶與致病和耐藥有關。
(1)血漿凝固酶：使血漿中的纖維蛋白原變成纖維蛋白，沉積於菌體表面，阻礙吞噬細胞的吞噬作用，並有利於感染性血栓的形成。
(2)β內酰胺酶：滅活β內酰胺類抗生素。
(3)透明質酸酶：此酶可水解人體結締組織細胞間的基質-透明質酸，使感染擴散。
(4)溶脂酶：金葡菌可產生數種溶脂酶，作用於血漿及皮膚表面的脂肪及油質，有利於細菌侵入人的皮膚及皮下組織。
(5)其他：尚有葡萄球菌激酶，過氧化氫酶，溶纖維蛋白酶等。
細胞抗原(20%)：
(1)莢膜抗原：金葡菌的某些菌株有明顯莢膜，使毒力增加，機體可產生相應抗體，蛋白A(protein A，凝集原agglutinogen A)是金葡菌細胞壁的組成部分，存在於90%的金葡菌，蛋白A可與IgG的Fc片段結合，具有抗調理素(antiopsonin)作用和抗吞噬作用的功能。
(2)細胞壁壁酸：為一種特異性抗原，金葡菌，表葡菌和腐葡菌的壁酸組成成分不同。
毒力基因的調控(10%)：
金葡菌的毒力基因調控極為複雜，受多種環境因素和細菌產物的影響，目前研究較多的是agr基因和sar基因，這兩個基因可以上調細菌分泌蛋白的表達，減少細胞壁相關蛋白的合成，葡萄球菌的耐藥性：葡萄球菌是耐藥性最強的病原菌之一，該屬細菌具備幾乎所有目前所知的耐藥機制，可對除萬古黴素和去甲萬古黴素以外的所有抗菌藥物發生耐藥。
(1)耐藥變遷：20世紀60年代以前青黴素曾是治療葡萄球菌最有效的抗生素，目前上海和北京地區臨床分離的葡萄球菌中約90%由於產生β-內酰胺酶(青黴素酶)而對青黴素耐藥，這些菌株一般對苯唑西林，甲氧西林，多數頭孢菌素以及β-內酰胺類和β-內酰胺酶抑制劑的複方製劑敏感，60年代初發現的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)對所有β-內酰胺類均耐藥，80年代慶大黴素還是治療MRSA感染的有效藥物，目前MRSA對慶大黴素的耐藥率已經超過 50%，80年代末葡萄球菌對氟喹諾酮類高度敏感，曾作為治療MRSA感染的保留用藥，但現在80%以上的MRSA和MRSE對氟喹諾酮類耐藥，1996 年，首株萬古黴素中介的金葡菌被分離到，其MIC為8～16μg/ml，雖然目前國內尚未發現對萬古黴素耐藥的葡萄球菌，但國外已報告2株對萬古黴素耐藥的葡萄球菌，表葡菌的耐藥現象亦甚嚴重，醫院外分離的表葡菌產β-內酰胺酶者>80%，此耐藥機制也為質粒所控制，腐葡菌產酶菌株較少，產酶量亦少，各種凝固酶陰性葡萄球菌，皆可對甲氧西林耐藥，醫院內分離的表葡菌中有30%～50%的菌株對甲氧西林耐藥，同時也對青黴素，慶大黴素或其他氨基糖苷類，紅黴素，克林黴素耐藥，其耐藥譜與金葡菌相似。
(2)耐藥機制：
①產生滅活酶和修飾酶：葡萄球菌產生的青黴素酶可破壞多種青黴素類抗生素，產酶量高的某些菌株可表現為對苯唑西林耐藥，產生氨基糖苷類修飾酶可滅活氨基糖苷類，使菌株表現為對氨基糖苷類耐藥，葡萄球菌還可產生乙酰轉移酶滅活氯黴素而對其耐藥。
②靶位改變：青黴素結合蛋白(penicillin binding protein，PBP)是參與葡萄球菌細胞壁合成的轉肽酶，β-內酰胺類抗生素與其結合可破壞細胞壁合成，葡萄球菌有四種PBP都與β-內酰胺類抗生素有良好的親和力;但甲氧西林耐藥葡萄球菌的染色體上的mecA基因，可編碼產生一種新的青黴素結合蛋白PBP2a(PBP2a)，PBP2a與β-內酰胺類抗生素的親和力很低，能在高濃度β-內酰胺類環境中維持細菌的胞壁合成，使細菌表現為耐藥，耐甲氧西林金葡菌和耐甲氧西林表葡菌分別簡稱為MRSA和 MRSE，其耐藥機制相同，這些耐藥菌除對甲氧西林耐藥外，對所有青黴素類，頭孢菌素類和其他β-內酰胺類抗生素均耐藥，同時對喹諾酮類，四環素類，某些氨基糖苷類抗生素，氯黴素，紅黴素，林可黴素耐藥率也很高(>50%);對利福平，庫馬黴素(coumamycin，又稱香豆黴素)，磷黴素，某些氨基糖苷類抗生素(阿米卡星，奈替米星等)敏感率相對較高，近年來耐甲氧西林葡萄球菌在臨床分離葡萄球菌中的比例有增多趨勢，MRSA對萬古黴素敏感性下降機制比較複雜，它並不具備萬古黴素耐藥基因van A，van B和van C，推測其耐藥機制可能與細菌細胞壁合成亢進有關，研究發現：該菌株的細胞壁比同類菌株厚1倍，PBPS較正常高3倍，胞間質前體產量也增加3倍，這三個特點造成細菌對萬古黴素的耐受力增加，DNA旋轉酶靶位改變和拓撲異構酶Ⅳ變異是葡萄球菌對喹諾酮類耐藥的主要機制，此外，葡萄球菌還可改變磺胺藥等葉酸抑制劑，利福平，莫匹羅星，大環內酯類和林可黴素類等的作用靶位而對這些抗菌藥耐藥。
③外排作用：葡萄球菌可排出胞內的四環素類，大環內酯類和克林黴素而對這些藥物耐藥。
發病機制
金葡菌雖可產生很多毒素和酶，並引起各種感染，但嚴格地講，該菌與表葡菌，腐葡菌一樣，仍是一個在寄生部位營共生的條件菌，在人體防禦免疫功能健全的情況下不足為害，即使細菌越出寄生範圍侵入深部組織，也可被白細胞，巨噬細胞，血清中特異和非特異因子等所吞噬殺滅，或被侷限於分散的區域中形成典型膿腫，但若存在免疫功能低下(如顆粒細胞缺乏，嚴重基礎疾病)或皮膚黏膜屏障破壞(如皮膚損傷，介入性醫療措施)的情況，則可能導致嚴重的金葡菌感染，此時，細菌從寄殖部位接種到受損的皮膚黏膜引起皮膚軟組織局部感染如癤腫等，感染局部擴散造成癰，蜂窩織炎，膿皰瘡或傷口感染，細菌還可進入血液，向遠端器官播散，發生敗血症，細菌性心內膜炎，骨髓炎，腎癰，膿毒性關節炎，硬膜外膿腫等，即使細菌不侵入血流，細菌毒素也可以引起局部和全身的疾病表現或綜合徵，如中毒性休克綜合徵，燙傷樣皮膚綜合徵和腸毒素性胃腸炎，金葡菌的許多毒素如TSST1，Ses是為不需呈遞抗原細胞處理的超抗原，這些超抗原可以刺激如IL-1，IL-6，IL-8和腫瘤壞死因子 α(TNFα)等細胞因子的大量釋放，從而導致系統性炎症反應綜合徵(SIRS)，最終引起感染性休克的發生，凝固酶陰性葡萄球菌主要是條件致病菌，其致病與免疫力低下和異物植入相關，異物的存在嚴重損害吞噬細胞的功能，靜脈內導管等異物迅速被纖維蛋白原，纖連蛋白等血清成分包裹，這些血清成分通過細菌表面成分識別黏附分子使葡萄球菌黏附，併產生糖萼(多糖蛋白質複合物，glycocalyx)進一步鞏固細菌黏附，寄殖，醫院獲得的心內膜炎常常與靜脈內導管有關，長期留置導管導致心內膜炎的情況類似心內膜炎的動物模型，心導管損傷心臟瓣膜表面，在瓣膜上形成非細菌性血栓，導致細菌黏附感染。
