金葡菌可引起皮膚和軟組織感染，敗血症，肺炎，心內膜炎，腦膜炎，骨髓炎，食物中毒等，此外尚可導致心包炎，乳突炎，鼻竇炎，中耳炎，中毒性休克綜合徵等，表葡菌除可引起敗血症，心內膜炎等外，也可導致尿路和皮膚感染，腐葡菌則主要引起尿路感染，聯繫其發病原理，可將其臨床表現分為兩大類型。
1.由毒素引起的疾病
(1)葡萄球菌胃腸炎：金葡球菌汙染澱粉類食物(如剩飯，粥，米麵等)，牛奶及奶製品，魚，肉，蛋等食品後，可在室溫下(22℃左右)大量繁殖而產生耐熱的腸毒素(外毒素)，100℃，30min只能殺滅金葡菌而不能破壞毒素，後者可引起噁心，嘔吐，中上腹痛，腹瀉等症狀，通常嘔吐劇烈，嘔吐物可呈膽汁性;腹瀉呈水樣便或稀便，體溫大多正常或略有升高，大多數患者於數小時至1～2天內迅速恢復，病程自限，以往認為抗菌藥物應用後所致的菌群交替性腸炎為金葡菌引起的假膜性腸炎，現已為多數學者所否定，這種腸炎乃艱難梭菌的外毒素所致，金葡菌僅為伴隨菌。
(2)中毒性休克綜合徵(toxic shock syndrome，TSS)：1978年首次報告，其主要的臨床表現為高熱，休克，紅斑皮疹，嘔吐，腹瀉，並可有肌肉痛，黏膜充血，肝，腎功能損害，定向障礙或意識改變等，該綜合徵的發病系由金葡菌(噬菌體Ⅰ群)產生的致熱外毒素C引起，而與細菌本身無關，TSS多見於青年婦女，尤其是應用月經閉塞者，但也發生於絕經期婦女，男性及兒童，依靠臨床表現雖可成立診斷，但血，陰道，鼻腔，尿等培養仍需進行，以觀察有無金葡菌，並排除其他病原菌感染的可能。
(3)燙傷樣皮膚綜合徵(staphylococcal scalded-skin syndrome，SSSS)：通常認為由Ⅱ群噬菌體型金葡菌所引起，此菌能產生表皮溶解毒素，引起新生兒和幼嬰兒皮膚呈瀰漫性紅斑和水皰形成，繼以表皮上層大片脫落，受累部位的炎症反應輕微，僅能找到少量病原菌，該綜合徵偶可見於成人，惟皮疹很快發生脫皮，如進行合適處理，痊癒亦快，病死率低。
2.由葡萄球菌直接入侵或全身播散所致的疾病
(1)皮膚，軟組織感染：皮膚及軟組織感染大多數為金葡菌所引起，少數的致病菌可為表葡菌，主要有癤，癰，毛囊炎，膿皰，膿皰瘡，天皰瘡，外耳炎，傷口感染，海綿竇血栓形成，瞼腺炎，褥瘡感染，肛周膿腫等，當皮下組織和毛囊被金葡菌感染時，則可有癤的形成，常見於頸，腋下，臀部及大腿等處，復發多見，癰多發生於頸後及背部，系一紅腫，疼痛並多竇道排膿的巨大硬結，毛囊炎系葡萄球菌的表淺感染，須瘡為繼發於毛髮異物反應的一種感染，多數為表葡菌所致，新生兒可患皮膚膿瘡，偶可患很嚴重，遍及全身，主要呈大皰的天皰瘡，皮損為水皰，破裂後有膿液滲出及痂蓋形成稱為膿皰瘡，外耳炎及傷口(手術或創傷) 感染絕大多數為金葡菌引起，後者可表現為輕度紅斑，漿液滲出，以至蜂窩織炎和傷口裂開排膿，海綿竇血栓形成系金葡菌面部感染的少見而嚴重的併發症，甲溝炎和瞼腺炎均主要為金葡菌所致，而肛周膿腫特別伴有肛門瘻者和褥瘡感染則多數為腸道細菌所致，病原菌為金葡菌者僅佔少數。
(2)敗血症：葡萄球菌是敗血症的常見致病菌，復旦大學附屬華山醫院630例敗血症中葡萄球菌佔258例(40.9%)，其中金葡菌和表葡菌所致者分別佔 164例(26.0%)和94例(14.9%)，表葡菌敗血症多發生於有嚴重原發疾病患者或有人工器官裝置患者和嬰幼兒，近10～15年來表葡菌及其他凝固酶陰性葡萄球菌敗血症發病率在歐美國家急劇上升，其臨床表現則與金葡菌所致者無明顯差異，葡萄球菌敗血症可以是原發的，也可以是繼發的，前者僅見有全身性症狀，但找不到肯定的入侵途徑，然而多數葡萄球菌敗血症是可以找到入侵途徑的，40%～50%患者在敗血症發生前有各種皮膚病灶，部分患者的原發病灶為肺炎，骨髓炎，尿路感染等，也可從靜脈輸液管直接進入血循環，敗血症症狀大多在原發病灶出現後1周內發生，起病急驟，有寒戰，高熱，胃腸道症狀，關節痛，肝，脾大等，可伴嚴重的毒血癥症狀，感染性休克等，感染性休克在病程早期即可出現，但其發病率(5%～20%)顯然較革蘭陰性菌敗血症患者的發病率為低，皮疹見於30%的病例，以瘀點和蕁麻疹為多，有時可引起猩紅熱樣皮疹，膿皰疹樣皮疹的出現率較低，但其存在有利於敗血症的診斷，關節症狀見於1/5～1/6的病例，多數表現為大關節的局部疼痛和活動受限，但也有呈化膿性關節炎者，約 2/3病例病程中發生遷徙性損害和(或)膿腫，按發生率多寡依次為皮下軟組織膿腫，肺炎和胸膜炎，化膿性腦膜炎，腎侷限性炎症或膿腫，關節膿腫，肝膿腫，海綿竇血栓形成，心內膜炎，骨髓炎(累及脊柱，股骨，脛骨，橈骨或尺骨等)，心包炎，腹膜炎等。
(3)心內膜炎：可發生於下列情況：①在葡萄球菌敗血症過程中，正常或受損瓣膜均可被累及;②人工心臟瓣膜裝置術後2個月以上，胸骨創口感染，導尿，拔牙等所致的暫時性菌血症;③ 起搏器裝置後(罕見);④經靜脈補液或靜脈注射毒品等途徑所致，金葡菌所致的心內膜炎大多呈急性病程，起病急驟，有寒戰，高熱及毒血癥徵象，因常發生於心髒正常的患者，故病程早期可無心雜音，繼而在病程中出現病理性雜音，原有雜音者則雜音可有明顯改變，一般波及主動脈瓣，而注射毒品者則可累及右心和三尖瓣，皮膚和黏膜瘀點的出現率遠較草綠色鏈球菌所致者為少，腎，腦，眼底等栓塞也不常見，早期即可出現心功能不全(約30%)，遷徙性感染較多見，50%的患者有腎臟化膿性感染，40%有腦膜炎或腦膿腫，30%有肺炎，肺膿腫或肺梗死，表葡菌心內膜炎可發生於人工瓣膜裝置術後，偶也發生於有病變的心臟，如風溼性心臟病，先天性心臟病，動脈硬化性心臟病等，其臨床經過大多呈亞急性。
(4)肺炎：葡萄球菌肺炎的病原菌絕大多數為金葡菌，原發性者較少見，大多繼發於病毒性肺部感染(麻疹，流感等)後，或由血行播散所致，患者以嬰幼兒為多見，成人患者少見，嬰兒患麻疹後易併發金葡菌肺炎，其特點為病情迅速發展，患兒初入院時呼吸和循環功能尚好，但短時期內即可惡化，體徵與病情不相平行，病原菌對大多抗菌藥物耐藥，成人患者的發熱一般不太高，但遷延多日，可有量不多，黏稠不易咯出的膿血性痰，早期肺部病變雖較少，但患者可出現嚴重的呼吸窘迫，並有過度換氣，肺部X線所見有多發性炎症與膿腫，空洞形成肺大泡形成等，雖血，痰培養呈陰性結果，仍可結合臨床診斷為金葡菌肺炎，呼吸道病毒如麻疹，流感等病毒與金葡菌合併引起感染時，可相互影響而使患者的病情加重，金葡菌單獨不易侵入完整的呼吸道黏膜，但當其他病原體如流感病毒損傷了上呼吸道黏膜，或肺和支氣管由囊性纖維化瘤(幼兒多見)已遭損害時，則為金葡菌侵入創造了良好的條件。
(5)腦膜炎：葡萄球菌腦膜炎也主要為金葡菌所引起，在各種化膿性腦膜炎中僅佔1%～2%，該病多見於2歲以下的幼兒，但成人也佔一定的比例，各季節均有發病，但以7，8，9月比較多見，此與夏，秋季皮膚感染較多有關，葡萄球菌腦膜炎的臨床表現與其他化膿性腦膜炎大致相同，但其起病一般不如流行性腦脊髓膜炎急驟;病程發展較為潛進，加以腦脊液清濁不一，初起時腦脊液內白細胞總數可小於100×106/L，因此部分病例入院時可誤診為乙型腦炎，結核性腦膜炎等，葡萄球菌腦膜炎常繼發於葡萄球菌敗血症的過程中，但也可自遠處病灶通過血行播散而侵入中樞神經系統，或由原發病灶或中耳炎直接蔓延，以及因顱骨骨折性外傷，神經外科手術或診斷性穿刺而直接引進，葡萄球菌腦膜炎除腦膜刺激徵外，常可見到瘀點，蕁麻疹等皮疹，猩紅熱樣皮疹和全身性膿皰疹也偶有所見，其中尤以小膿皰皮疹最具特徵性，膿皰性瘀點或紫癜，或有皮下膿腫出現，則在診斷中強烈支持該病的可能性。
(6)尿路感染：葡萄球菌尿路感染多數由表葡菌和腐葡菌所引起，表葡菌尿路感染常見於留置導尿管的患者，尤多見於切除前列腺的患者，一般無症狀，移去導尿管後病原菌即自行消失，但在少數情況下也可出現症狀而需抗菌藥物治療，腐葡菌尿路感染在國外相當常見，通常易致膀胱炎，但也可累及上尿路，並曾從患者的腎結石中被分離出，大多菌株能分解尿素和對新生黴素耐藥。
(7)骨及關節感染：金葡菌可致急性化膿性骨髓炎，以兒童及男性多見，常累及股骨下端及脛骨上端，其次為脊柱，肱骨，踝，腕，骨盆，橈骨等，可為血源性感染，亦可繼發於外傷或化膿性關節炎：先從骨骺端發病，局部形成膿腫後，向近骺端擴散至骨膜下或骨髓腔內，引起骨膜下膿腫，或穿破於皮下形成皮下膿腫，約 10%患者穿入關節囊引起化膿性關節炎，有慢性骨髓炎形成竇道者，經年不愈，病灶周圍骨膜增生形成修補骨層，稱為包殼，為化膿性骨髓炎特徵之一，臨床表現可見急起畏寒，高熱，局部肌肉緊張，患者拒絕移動患肢，局部骨骼有壓痛，皮膚髮熱，水腫，骨髓穿刺培養80%～90%可檢出金葡菌，X線檢查，第2～3周常出現骨質疏鬆，以後出現骨膜增生，死骨形成及新骨增生;用放射性核素鍶與氟進行掃描，發現病灶較X線為早，急性病灶經及時抗菌治療大多預後良好，少數病例可在同一部位反覆發作形成慢性感染，金葡菌引起化膿性脊柱炎侵犯腰椎者佔半數，其次為胸椎及頸椎，常有低熱，背痛，且向兩腿放射，局部肌肉疼痛性痙攣，運動受限，可併發椎旁膿腫，X線檢查從2～3周開始可見椎間隙狹窄，以後有骨質破壞及增生，椎間盤有骨橋形成，為該病X線的特徵，急性金葡菌關節炎的全身症狀與急性化膿性骨髓炎相似，但關節局部紅，腫，熱，痛顯著，關節腔穿刺液進行塗片及培養可以確定診斷，類風溼關節炎患者長期應用腎上腺皮質激素時，其有病關節易受到金葡菌的侵犯，所致感染與類風溼關節炎重新發作不易區別;關節穿刺液的塗片和培養有助於澄清診斷。
(8)異物植入相關感染：凝固酶陰性葡萄球菌約佔異物相關感染病原菌的50%，其中以表葡菌為主，血管內導管，連續腹透管，體液分流系統，人工瓣膜，人工關節，心臟起搏電極，人工成型的乳房及植入的人工晶體等均可為凝固酶陰性葡萄球菌感染的誘因，臨床可表現為局部或全身感染症狀，多數為不明原因的發熱，去除異物即可痊癒，也可導致嚴重的敗血症而死亡。
(9)其他：葡萄球菌尚可引起肝，脾，腎膿腫，腎周圍膿腫，心包炎，膿胸等，膿腫等。
