常規的HBO治療，不會產生任何副作用，如果工作人員操作不當，不按操作規程辦事，或不講科學，擅自改變治療方案，可產生嚴重後果。
一) 氧中毒：指高壓或常壓下，吸入高濃度的氧達一定時程後，氧對機體產生的功能性或器質性損害。氧中毒可分為 中樞型、肺型、溶血型和眼型。無論發生哪一型 氧中毒，整個機體均同時受害。臨床上，在高於0.3MPa壓力下吸氧，常規治療時隨意延長吸氧時間，常壓下長時間吸入濃度高於50%的氧是 氧中毒的常見原因。
其機理大致有三個方面：
1、 氧對中樞代謝的毒性作用;
2、 氧對酶的毒性作用;
3、 自由基的過量產生。
氧中毒一發生，立即停止吸氧，一般可以緩解症狀。維生素E、C、K、鎂離子製劑等可以預防 氧中毒。
二)氣壓傷：常見的有 中耳氣壓傷、副 鼻竇氣壓傷和肺氣壓傷。另外，減壓中氣胸病人未及時發現和處理，可使胸腔內氣體過度膨脹，肺和心臟受壓， 縱膈擺動，可致病人突然死亡。
三) 減壓病：減壓速度過快，幅度過大，使氣體在組織中的 溶解度降低，在血液和組織中游離出形成氣泡，造成血管氣栓，組織受壓的一種高危情況。所幸的是，這種情況多發生在潛水作業中，在一般的HBO治療中十分少見。只要我們思想上重視，嚴格按規程操作，此病不難預防。
