會陰部尿道瘻：這種瘻管是尿道球部與皮膚相通，常在泌尿生殖三角區內，排尿時尿由瘻口內流出。
先天性瘻：由骶尾部囊腫化膿破裂形成，原發外口常在臀溝中點，尾骨尖附近，瘻內可見毛髮，由胚胎發生。
骶尾部瘻：常由臀部損傷，如打擊，腳踢和擦傷引起，在骶尾部形成膿腫，從而形成瘻管。
肛門周圍化膿性汗腺炎 這是最易被誤診為肛瘻的肛門周圍皮膚病，因其主要特徵是肛周有膿腫形成和遺留竇道，竇道處常有隆起和膿液，有多個外口，故易誤診為多發性肛瘻或複雜性肛瘻，鑑別要點是肛周化膿性汗腺炎的病變在皮膚及皮下組織，病變範圍廣泛，可有無數竇道開口，呈結節狀或瀰漫性，但竇道均淺，不與直腸相通，切開竇道後無膿液和瘻管，亦無內口，Wiltz報道43例肛周化膿性汗腺炎，35例初診為肛瘻，藏毛囊腫，竇道和肛管膿腫，確診前多有6年以上病史。
骨盆骨髓炎 骨盆化膿性或結核性病變引起的骨盆骨髓炎，常在會陰部發生竇道，與肛瘻的外口極為相似，但前者無內口，X線片顯示骨盆有病變。
骶骨前瘻 由骶骨與直腸之間的膿腫在尾骨附近穿破形成，瘻管位於骶骨凹內，外口常位於尾骨尖兩側，探針可探入8～10cm，瘻管與直腸平行。
骶尾部骨結核 發病緩慢，無紅腫熱痛等急性炎症變化，破潰後流出稀薄膿液，外口較大，邊緣不整齊，且經久不愈，X線片顯示骶尾骨有骨質損害和結核病灶。
骶尾部畸胎瘤 破潰後可形成尾骨前瘻或直腸內瘻，大型畸胎瘤可突出骶尾部，容易診斷;小型無症狀的腫瘤，可在直腸後方捫及平滑，有分葉的腫塊，X線片可見骶骨和直腸之間有腫塊，內有不定形的散在鈣化陰影，可見骨質或牙。
晚期肛管直腸癌 破潰後可形成肛瘻，特點是腫塊堅硬，分泌物為膿血，惡臭，病理切片可確診。
