1、癌變危險：肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，危及周圍臟器，並且多年未治或誤治的老肛瘻有癌變的可能。
2、肛門失禁：任由肛瘻發展，可對括約肌造成嚴重損傷，甚至可能造成肛門失禁等併發症。
3、危及鄰近器官：肛瘻是一種多發性疾病，長期拖延可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，如此，危及周圍臟器也就勢在必然。另外，如果是多年未愈(指沒有徹底治癒)，發生癌變的可能性就會水漲船高。
4、影響肛門的正常功能：由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能
5、感染流膿：肛瘻一旦形成，自愈的機會極少，並帶來一系列的危害。首先肛瘻感染髮炎後，肛門疼痛劇烈，潰破後膿水汙染內褲，膿汁刺激局部皮膚，肛門瘙癢劇烈。久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，發作亦越頻繁，形成互為因果惡性循環。
