肛周膿腫這種疾病一般不能自行痊癒，因為肛周膿腫疾病會不斷的流出膿水，反覆的發作，因此，一定要及時採用手術方法治療。
肛周膿腫這種疾病如果久患不治，終膿腫將向肛周皮膚或肛管直腸腔內破潰形成肛瘻疾病。肛周膿腫的深部膿腫一旦形成後，內部壓力逐漸增大，這時應早期手術，不僅可使膿腔早愈，防止蔓延，而且也不易形成肛瘻，即使形成肛瘻，也比較容易治療。
若膿腫延誤了早期手術治療，則感染灶就很可能向周圍附近間隙轉移，形成範圍較大的膿腫，膿液可從皮下蔓延到坐骨直腸窩，從患側經組織間隙蔓延到對側，又可經內外括約肌之間進入肛門內，向上穿破提肛肌進入盆腔形成腹膜炎;或向鄰近組織器官如直腸、膀胱、陰道、尿道等侵蝕潰爛穿破，形成多種類型的複雜性肛瘻。
對於肛周膿腫的治療，採用HCPT微創術，這種療法可以徹底治好肛周膿腫，治療同時避免了傳統療法的兩次進行手術的弊端，使患者承受痛苦小、恢復快。手術時，專家藉助先進的探針配合雙氧水灌注的方法，準確找到全部內口，有效避免漏診、漏治。避免了傳統手術將瘻管全部挑開的方式，以微創的小切口，對口引流，內口和外口分解處理，部分切開部分保留，化複雜為單純，在治療疾病的同時，不損傷肛門功能，將手術創口至少縮小了三分之二，程度減少了對機體的損害。
