典型肺炎的病原體主要包括肺炎支原體、肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體、軍團菌和立克次體(引起Q熱肺炎)。這些病原體大多為細胞內寄生，沒有細胞壁，因此可滲入細胞內的廣譜抗生素(主要是大環內酯類和四環素類抗生素)對其治療有效，而β內酰胺類抗生素無效。
SARS患者是主要的傳染源，其傳染性隨病程而逐漸增強，發病第2周傳染性最強。一般認為症狀明顯的患者其傳染性強，特別是持續高熱，頻繁咳嗽。退熱後及恢復期時傳染性迅速下降。每個患者傳播毒力不均相同，有的“毒王”可以傳染幾十人，有的卻一個人也沒有傳染。回顧性調查發現傳播力強的所謂“毒王” 幾乎都是老年人或具有其他基礎疾病的患者，他們本身比較容易受傳染，感染後也往往傳播力強。
SARS的病原可能來源於動物，有報道說果子狸身上分離出的病毒了含有SARS—CoV的動物。
近距離呼吸道飛沫傳播是SARS經空氣傳播的主要方式，是SARS傳播最重要的途徑。氣溶膠傳播也是經空氣傳播的另一種方式，是被高度懷疑為嚴重流行疫區的醫院和個別社區暴發的傳播途徑之一，其流行病學意義在於易感者可以在未與SARS患者見面的情況下，有可能因為吸入了懸浮在空氣中含有SARS— CoV的氣溶膠所感染。
而對於由病毒引起的非典型肺炎，抗生素是無效的。
