一般來說對於初發的扁平疣患者，只要對症規律用藥治療，是可以很好的獲得臨床治癒、長期不復發的目的的。但這需要一定時期的鞏固治療，也就是說在皮損消退後，繼續服用一些抗復發藥物，完成規定的療程，這個時期雖然會比較漫長但卻十分重要。如果患者治療不徹底，在表面症狀消失後立即停用藥，體內的毒素因子依然存在，病情難以保持穩定，很容易導致扁平疣的再次發作。
有些扁平疣患者經常更換治療方式，並且擅自改變治療方案或是中斷治療，都是普遍存在於扁平疣患者身上的。很多扁平疣患者在醫生的幫助下治療一段時間後，本來病情已經有了大的改觀，但是，由於患者對治療的期望值過高，自己還是認為治療效果不好，或是心急，想一夜治癒，見治療效果達不到自己的期望，就頻繁更換治療方式和醫院。這些，恰恰就是久治不愈的原因之一。
在有效治療扁平疣的同時，扁平疣患者日常護理工作也不可小視。多運動、多出汗有助於皮膚血液循環和新陳代謝，以及免疫能力的提高，相反如果患者少動少汗就不利於病情的恢復，難以抵抗外界毒素因子的入侵，可能誘發和加重病情。此外保持飲食的合理禁忌，家居環境避免陰冷潮溼，注意勤洗澡、勤換衣等自身的清潔，還有很重要的一點是要有積極健康心態，而許多患者對這些日常保健工作的忽視，也是導致扁平疣久治不愈的一個十分重要的方面。
扁平疣難治療不僅跟現在治療扁平疣的醫療技術有關，還跟患者自身對待扁平疣有關，所以扁平疣患者應該從心理上調節好自身對扁平疣的認識，做好自身扁平疣的護理措施，採用正規的治療扁平疣方法治癒扁平疣。
