從外瘻管排出少量膿性、血性或粘液是主要症狀。在較大的高位肛瘻中,由於瘻管位於括約肌外,不受括約肌控制,常常有糞便和氣體排出。由於分泌物的刺激,肛門部位潮溼和瘙癢,有時形成溼疹。當外口癒合後,瘻管內形成膿腫,會有明顯的疼痛感,並可能伴有全身感染症狀,如發燒、寒戰和乏力,通過膿腫穿刺或切開引流可以緩解。上述症狀的復發是瘻管病的臨床特徵。
檢查時,在肛周皮膚上可以看到單個或多個外口,呈紅色乳頭狀隆起,擠壓時有膿液或膿血性分泌物。外口的數量及其與肛門的關係位置有助於診斷肛瘻:外口的數量越多,離肛緣越遠,瘻管就越複雜。