瘻外口流出少量膿性、血性、黏液性分泌物為主要症狀。較大的高位肛瘻,因瘻管位於括約肌外,不受括約肌控制,常有糞便及氣體排出。由於分泌物的刺激,使肛門部潮溼、瘙癢,有時形成溼疹。當外口癒合,瘻管中有膿腫形成時,可感到明顯疼痛,同時可伴有發熱、寒戰、乏力等全身感染症狀,膿腫穿破或切開引流後,症狀緩解。上述症狀的反覆發作是瘻管的臨床特點。
檢查時在肛周皮膚上可見到單個或多個外口,呈紅色乳頭狀隆起,擠壓時有膿液或膿血性分泌物排出。外口的數目及與肛門的位置關係對診斷肛瘻很有幫助:外口數目越多,距離肛緣越遠,肛瘻越複雜。