1.直腸觸診 內口外有輕度壓痛，可觸及少量硬結。
2.亞甲藍染色法 將白色溼紗布插入肛管和直腸下段，經外口向瘻管內注入1～2ml亞甲藍，然後從肛管內取出紗布，根據紗布上有無亞甲藍染色及染色部位，明確是否存在瘻管及內口部位。
3.探針檢查 通過外口將探針插入肛管，明確瘻管的位置和內口的位置。這種方法通常在手術中麻醉下進行，如果操作不當或不熟悉這種方法，可能會形成假道。
4.瘻管造影是將30%～40%的碘油注入外口，可通過拍片觀察瘻管的分佈情況，多用於高位複雜肛瘻和蹄形肛瘻的診斷（圖6）。 而在常規臨床檢查中未能發現。
5.肛管超聲檢查有時對括約肌間瘻的診斷有幫助，但對括約肌外瘻和跨括約肌瘻的診斷沒有幫助。Lunniss報告了35例這種方法的結果，與手術結果一致：原發性瘻管（85.7%），繼發性瘻管和膿腫（91.4%），蹄形瘻管（64.3%），80%的瘻管有內口，因此得出結論，MRI對瘻管位置的診斷非常準確。核磁共振成像是確定瘻管位置的一種非常準確的方法。
