1.肛竇鉤檢查:以窺器伸入肛門，可見有紅腫炎症的肛竇，內口多在此處。用肛竇鉤反覆檢查肛竇，不難找到內口。探時忌用暴力，以免穿破正常肛竇，造成新的感染內口。
2.探針檢查:用探針從瘻外口伸入瘻管，食指伸入肛管，多數探針可在齒線處的內口穿出。對瘻道彎曲者，探針多不能順利穿過，切忌用力過猛，使探針穿破瘻管壁，造成新的感染。
3.美藍標記:將一塊適中的紗布放置於肛門內，而後將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘻管，然後輕輕將紗布拉出，觀察內口的位置。爾後，用窺器擴開肛門，在齒狀線附近，著色最顯著處，以肛竇鉤或探針探查，多數可發現內口。
4、韓國電子肛門鏡:是肛腸成像檢查系統，採用醫用視頻攝像技術，打破傳統肛腸鏡檢查的弊端，醫患在檢查過程中可同時觀察到病灶部位，並可將病灶鎖定後打印成像，亦可放大觀察，可對肛腸內部深層病灶部位進行圖像採集，實時診斷，讓醫患雙方清晰、準確、直觀地瞭解病情，避免誤診、漏診。同時為治療前後進行比較提供可靠依據，幫助患者瞭解病情選擇治療方案，避免因傳統人為檢查帶來不足而造成病情延誤。
