細菌感染(35%)：
細菌類的成因包括：最常見的是食物受細菌感染，再煮熟或半熟的食物，特別容易染有細菌。葡萄球菌和沙門桿菌通常來自處理食品的人員。葡萄球菌、大腸桿菌及沙門桿菌是最常見的病菌。汙染的禽類、肉類及魚類中，常可發現彎曲桿菌。大腸桿菌有很多種，大多無害，但有幾種可引起初生嬰兒的急性胃腸炎，這種感染常在育嬰室中蔓延。
病毒感染(25%)：
病毒感染往往也可引致胃腸炎及腸炎。輪形病毒是引起兒童腹瀉的最常見病原體。除此之外，可引致胃腸炎的病毒還有腺病毒、腸病毒、手足口病毒等等。這種感染可在兩天之內發病。
食物感染(20%)：
有些植物在生長過程中所產生的毒素，也可以引致胃腸炎，如紫杉、青性的茄屬植物、牽牛花及七葉樹屬植物等，都含毒素，而馬鈴薯塊莖所生的嫩芽，也是有毒的。
化學因素(15%)：
有毒的化學品，如砷、鉛及各種殺蟲劑等。若服下這些化學品，在數小時內即可發病。
疾病感染(5%)：
阿米巴病、梨形鞭毛蟲病等疾病，也可以引起胃腸炎的症狀。
