菠蘿裡有三種不好的成分，可能給人帶來麻煩：1.甙類是一種有機物，對人的皮膚、口腔黏膜有一定刺激性，但對健康尚無直接危害。2.羥色胺是一種含氮的有機物，有強烈地使血管收縮和使血壓升高的作用，可引起頭痛。3.菠蘿蛋白酶是一種蛋白質水解酶。
有少數人對這種酶有過敏反應，吃後15~60分鐘左右出現腹痛、噁心、嘔吐、蕁麻疹(俗稱風疹塊)、頭痛、頭暈等症狀。嚴重的還會發生呼吸困難及休克，所謂菠蘿過敏就是指此而言。專家提醒，菠蘿去皮後，應切成片或塊放在開水裡煮一下再吃。菠蘿蛋白酶在45℃～50℃時就開始改變，到100℃時90% 以上都會被破壞：甙類也同時可被破壞消除;羥色胺則溶於水中。
如果為了保持菠蘿的新鮮口味，可以把切成片或塊的菠蘿放在鹽水(一般燒菜的鹹度)裡浸泡30分鐘左右，再用涼開水浸洗去鹹味，也同樣可以達到去過敏的目的。此外，有過敏體質者應慎重食用，過去吃菠蘿有過敏史者則應禁止食用。
