海鮮中的病菌主要是副溶血性弧菌等，耐熱性比較強，80℃以上才能殺滅。除了水中帶來的細菌之外，海鮮中還可能存在寄生蟲卵以及加工帶來的病菌和病毒汙染。一般來說，在沸水中煮4-5分鐘才算徹底殺菌。因此，在吃“醉蟹”、“生海膽”、“醬油醃海鮮”之類不加熱烹調的海鮮一定要慎重，吃生魚片的時候也要保證魚的新鮮和衛生。
貝類本身帶菌量比較高，蛋白質分解又很快，一旦死去便大量繁殖病菌、產生毒素，同時其中所含的不飽和脂肪酸也容易氧化酸敗。不新鮮的貝類還會產生較多的胺類和自由基，對人體健康造成威脅。選購活貝之後也不能在家存放太久，要儘快烹調。過敏體質的人尤其應當注意，因為有時候過敏反應不是因為海鮮本身，而是在海鮮蛋白質分解過程中的物質導致的。
在吃海鮮時最好別飲用啤酒。蝦、蟹等海產品在人體代謝後會形成尿酸，而尿酸過多會引起痛風、腎結石等病症。如果大量食用海鮮的同時，再飲用啤酒，就會加速體內尿酸的形成。所以，在大量食用海鮮的時候，千萬別喝啤酒，否則會對身體產生不利影響。
魚、蝦、蟹等海產品含有豐富的蛋白質和鈣等營養素。而水果中含有較多的鞣酸，如果吃完海產品後，馬上吃水果，不但影響人體對蛋白質的吸收，海鮮中的鈣還會與水果中的鞣酸相結合，形成難溶的鈣，會對胃腸道產生刺激，甚至引起腹痛、噁心、嘔吐等症狀。最好間隔2小時以上再吃。
吃完海鮮不宜喝茶的道理與不宜吃水果的原因類似。因為茶葉中也含有鞣酸，同樣能與海鮮中的鈣形成難溶的鈣。在食用海鮮前或後吃海鮮，都會增加鈣與鞣酸相結合的機會。因此，在吃海鮮時最好別喝茶。同理，也是最好間隔2小時以上。
任何海鮮都只有在高度新鮮的狀態下才能做成清蒸、白灼之類的菜餚。水產海鮮與肉類不同，它們體內帶有很多耐低溫的細菌，而且蛋白質分解特別快。如果放在冰箱裡多時，蝦體的含菌量增大，蛋白質也已經部分變性，產生了胺類物質，無論怎麼樣都達不到活蝦的口感、風味和安全性，當然也就不適合白灼的吃法了。不過，冰鮮的蝦可以高溫烹炒或煎炸，同時也能呈現出美味噢。
多種海產品，如蝦、蟹、蛤、牡蠣等，體內均含有化學元素砷。一般情況下含量很小，但日益嚴重的環境汙染可能使這些動物體內砷的含量達到較高水平。蝦體內所含砷的化合價是五價，一般情況下，五價砷對人體是沒有害處的。理論上講，高劑量的維生素C(一次性攝入維生素C超過500毫克)和五價砷經過複雜的化學反應，會轉變為有毒的三價砷(即我們常說的“砒霜”)，當三價砷達到一定劑量時可導致人體中毒。
據專業人士解釋，一次性攝入50箇中等大小的蘋果或30個梨或10個橙子或生吃3斤以上的綠葉蔬菜，才會大劑量地攝入維生素C。如果經過加熱烹調過程，食物中的維生素C還會大打折扣。因此，在吃海產品的同時食用水果或青菜，只要不超過上述的量是沒有危險的。金屬類元素容易沉積在海鮮的頭部，所以儘量不要吃蝦頭、魚頭。
如果海鮮已經高溫徹底烹熟，那麼只需馬上放入冷藏室，下餐加熱後即可食用。如果海鮮並未經過充分加熱，但已經死去，那麼應當放進冷藏室，下一餐之前化凍，然後徹底加熱烹熟，不要再貪戀生鮮口感。由於海鮮類食品的蛋白質質地細膩，分解很快，拿回家之後應當在一天之內食完，不要長時間存放。
1、患有痛風症、高尿酸血癥和關節炎的人不宜吃海鮮，因海鮮嘌呤過高，易在關節內沉積尿酸結晶加重病情。
2、過敏體質的人應慎食海鮮，因為除了避免食用特定的過敏原之外，海鮮過敏並沒有很好的預防方法。富含組胺的紅肉魚也要少吃。
3、孕婦和乳母應當少吃海鮮，因為目前我國海產品的汙染狀況十分嚴重，特別是含汞量普遍超標，而汞可以影響胎兒和嬰兒的大腦和神經發育。
4、甲狀腺機能亢進者應少吃海鮮，因為含碘較多，可加重病情。
5、平日吃冷涼食物容易腹瀉和胃腸敏感的人應當少吃海鮮，以免發生腹痛、腹瀉的狀況。
