1、遺傳：本病的血緣家庭發病率較高，據歐美文獻統計，潰瘍性結腸炎病人的直系血緣親屬中，約15-30%的人發病。
2、免疫力低下：多數學者認為本病屬於自身免疫性疾病。因為本病併發自身免疫病(如自身免疫性溶血性貧血)者較多，所以提高免疫力也是防治腸炎重中之重。
3、濫用抗生素：很多人遇到疾病會濫用氨苄、頭孢等抗生素，這些抗生素會直接刺激腸道，還可以引起腸道菌群失調，使腸道內正常的大腸桿菌減少有害菌大量繁殖引起腸炎。
4、飲食不注意：包括飲食因素如飲食不當引起的腹瀉，食物過期如牛奶過期、及不清潔的環境、氣候的突變、生活規律的突然改變均可以引起腹瀉。
5、口服避孕藥女性患者腸炎的危險性增加：來自美國和英國隊列研究指出，口服避孕藥婦女患炎症性腸病的危險性增加40%以上。長期口服避孕藥或大劑量服用雌激素婦女腸炎發生的危險性高。
以細菌和病毒引起者最為常見。少數腸炎病因不明。細菌性腸炎的致病菌以痢疾桿菌最常見，其次為空腸彎曲菌和沙門氏菌。在病毒性胃腸炎中，輪狀病毒是嬰幼兒腹瀉的主要病因，而諾瓦克病毒是成人和大齡兒童流行性病毒性胃腸炎的主要病因。寄生蟲引起的腸炎以溶組織內阿米巴較為常見。真菌性腸炎以白色念珠菌引起的最多。
1病毒性腸炎見於犬瘟熱病毒、犬細小病毒、犬貓冠狀病毒、貓泛白細胞減少病病毒等引起的腸炎。
2細菌性腸炎見大腸桿菌、沙門氏菌、耶爾森氏菌(引起小腸結腸炎)、毛樣產芽胞桿菌、空腸彎曲桿菌、梭菌(犬出血性胃腸炎)等引起的腸炎。
3真菌性腸炎見組織胞漿菌、藻狀菌、麴黴菌、白念珠菌等引起的腸炎。
4寄生蟲性腸炎見鞭毛蟲、球蟲、弓形蟲、蛔蟲、鉤蟲等引起的腸炎。
5採食異物、汙染或腐敗變質食物、刺激性化學物質(毒物或藥物等)、某些重金屬中毒，以及某些變態反應(嗜酸性細胞性腸炎、漿細胞淋巴細胞性腸炎)等都能引起腸炎。
6濫用抗生素，改變了腸道存在的微生物區系，或出現耐抗生素菌株而引起的腸炎。
過量喝酒會破壞腸道的保護屏障，而過多攝入肉類等高脂肪、辛辣的食物會使糞便通過腸道的速度減慢，使致癌物和腸結膜接觸時間延長，誘發癌變。
特別是有些人喜歡一邊喝酒一邊吃烤肉，對此專家提醒說，大量飲酒會導致肌體抵抗力下降、腸道充血、腸道保護屏障被破壞以及腸道吸收障礙等，而烤肉中的苯並芘是公認的致癌成分，兩者相配會大大增加患腸癌的風險。一般建議飲酒時，儘量多吃一些涼拌蔬菜、豆製品或粗糧製品，以減少對腸道的傷害。
