1.病毒性腸炎
病毒性腸炎見於犬瘟熱病毒、犬細小病毒、犬貓冠狀病毒等引起的腸炎。
在病毒性腸炎中，輪狀病毒是嬰幼兒腹瀉的主要病因，而諾瓦克病毒是成人和大齡兒童流行性病毒性胃腸炎的主要病因。
2.細菌性腸炎
細菌性腸炎見大腸桿菌、沙門菌、耶爾森菌(引起小腸結腸炎)、毛樣產芽胞桿菌、空腸彎曲桿菌、梭菌(犬出血性胃腸炎)等引起的腸炎。
細菌性腸炎的致病菌以痢疾桿菌最常見，其次為空腸彎曲菌和沙門菌。
3.真菌性腸炎
真菌性腸炎見組織胞漿菌、藻狀菌、麴黴菌、白念珠菌等引起的腸炎。
真菌性腸炎以白色念珠菌引起的最多。
4.寄生蟲性腸
寄生蟲性腸炎見鞭毛蟲、球蟲、弓形蟲、蛔蟲、鉤蟲等引起的腸炎。
寄生蟲引起的腸炎以溶組織內阿米巴較為常見。
5.飲食導致的腸炎
汙染或腐敗變質食物、刺激性化學物質、某些重金屬中毒，以及某些變態反應等都能引起腸炎。
6.抗生素導致的腸炎
濫用抗生素，導致腸道菌群失調，或出現耐抗生素菌株而引起的腸炎。
