1、遺傳：本病的血緣家庭發病率較高，據歐美文獻統計，潰瘍性結腸炎病人的直系血緣親屬中，約15-30%的人發病。
2、免疫力低下：多數學者認為本病屬於自身免疫性疾病。因為本病併發自身免疫病(如自身免疫性溶血性貧血)者較多，所以提高免疫力也是防治腸炎重中之重。
3、濫用抗生素：很多人遇到疾病會濫用氨苄、頭孢等抗生素，這些抗生素會直接刺激腸道，還可以引起腸道菌群失調，使腸道內正常的大腸桿菌減少有害菌大量繁殖引起腸炎。
4、飲食不注意：包括飲食因素如飲食不當引起的腹瀉，食物過期如牛奶過期、及不清潔的環境、氣候的突變、生活規律的突然改變均可以引起腹瀉。
5、口服避孕藥女性患者腸炎的危險性增加：來自美國和英國隊列研究指出，口服避孕藥婦女患炎症性腸病的危險性增加40%以上。長期口服避孕藥或大劑量服用雌激素婦女腸炎發生的危險性高。
以細菌和病毒引起者最為常見。少數腸炎病因不明。細菌性腸炎的致病菌以痢疾桿菌最常見，其次為空腸彎曲菌和沙門氏菌。在病毒性胃腸炎中，輪狀病毒是嬰幼兒腹瀉的主要病因，而諾瓦克病毒是成人和大齡兒童流行性病毒性胃腸炎的主要病因。寄生蟲引起的腸炎以溶組織內阿米巴較為常見。真菌性腸炎以白色念珠菌引起的最多。
